Criar repositórios locais diferentes para cada arquitetura
Ao invés de usar um repositório configurado para as duas arquiteturas, criar um repositório i386 para isos de 32 bits e um repositório amd64 para isos de 64 bits. Com um repositório apenas, as isos de 32 bits ficam com pacotes amd64 e as de 64 com pacotes i386.