Adiciona e documenta as funções *panel.cbH.

R/panel.cbH.R

+#' @name panel.cbH
+#' @aliases panel.cbH
+#' @export
+#' @author Walmes Zeviani baseado na lista de discussão R-help.
+#' @title Função para Intervalos e Bandas de Confiança com a Lattice
+#'
+#' @description Essa função permite representar intervalos de confiança
+#'     e bandas de confiança em gráficos do pacote lattice.
+#'
+#' @param y Valor central ou estimativa pontual.
+#'
+#' @param ly Limite inferior do intervalo/banda de confiança.
+#'
+#' @param uy Limite superior do intervalo/banda de confiança.
+#'
+#' @param cty Uma string que indica o tipo de representação. Atualmente
+#'     são aceitos os valores \code{"bars"} para intervalos de confiança
+#'     e \code{"bands"} para bandas de confiança.
+#'
+#' @param desloc Um vetor númerico nos quais os valores representam
+#'     quantidades a somar/subtrair dos valores de \code{x} para não
+#'     sobrepor intervalos. Com esse argumento pode-se representar mais
+#'     de um intervalor por valor de \code{x}. Não é usado quando
+#'     \code{cty = "bands"}
+#'
+#' @param fill Uma representação de cor para preencher o interior das
+#'     bandas de confiança. Não é usado quando \code{cty = "bars"}.
+#'
+#' @param alpha Nível de transparência na cor de preenchimento das
+#'     bandas de confiança para permitir sobrepor bandas. O valor
+#'     default é 0.1. Não é usado quando \code{cty = "bars"}.
+#'
+#' @param length Comprimento para as extremidades dos intervalos que
+#'     formam o "T". O valor default é 0.05. Não é usado quando
+#'     \code{cty = "bands"}.
+#'
+#' @param x,subscripts,col.line,lwd,... Argumentos passados para a
+#'     função \code{\link[lattice]{xyplot}}.
+#'
+#' @return São usadas dentro de funções do pacote \pkg{lattice}.
+#'
+#' @seealso \code{\link{prepanel.cbH}}.
+#' @import lattice latticeExtra
+#' @examples
+#'
+#' library(lattice)
+#' library(latticeExtra)
+#'
+#' m0 <- lm(sqrt(dist) ~ speed, data = cars)
+#' pred <- with(cars, data.frame(speed = seq(min(speed),
+#'                                           max(speed),
+#'                                           length.out = 20)))
+#' aux <- predict(m0, newdata = pred, interval = "confidence")
+#' pred <- cbind(pred, aux)
+#'
+#' xyplot(sqrt(dist) ~ speed, data = cars) +
+#'     as.layer(xyplot(fit ~ speed, data = pred, type = "l",
+#'                     ly = pred$lwr, uy = pred$upr, cty = "bands",
+#'                     fill = "blue", alpha = 0.3,
+#'                     prepanel = prepanel.cbH,
+#'                     panel = panel.cbH))
+#'
+#' m1 <- lm(weight ~ feed, data = chickwts)
+#' pred <- with(chickwts, data.frame(feed = levels(feed)))
+#' aux <- predict(m1, newdata = pred, interval = "confidence")
+#' pred <- cbind(pred, aux)
+#'
+#' xyplot(weight~feed, data=chickwts)+
+#'     as.layer(xyplot(fit ~ feed, data = pred,
+#'                     ly = pred$lwr, uy = pred$upr,
+#'                     cty = "bars",
+#'                     prepanel = prepanel.cbH,
+#'                     desloc = rep(0.15, length(pred$fit)),
+#'                     panel = panel.cbH))
+#'
+#' da <- expand.grid(trt = gl(2, 1), x = 1:7)
+#' da$y <- with(da, as.integer(trt) + 0.5 * x + rnorm(x, 0, 0.4))
+#' xyplot(y ~ x, groups = trt, data = da)
+#'
+#' m2 <- lm(y ~ trt + x, data = da)
+#'
+#' pred <- with(da, expand.grid(trt = levels(trt),
+#'                              x = seq(min(x), max(x), length.out = 20)))
+#' aux <- predict(m2, newdata = pred, interval = "confidence")
+#' pred <- cbind(pred, aux)
+#'
+#' xyplot(y ~ x, groups = trt, data = da) +
+#'     as.layer(xyplot(fit ~ x, groups = trt, data = pred, type = "l",
+#'                     ly = pred$lwr, uy = pred$upr,
+#'                     cty = "bands", alpha = 0.25,
+#'                     prepanel = prepanel.cbH,
+#'                     panel = panel.superpose,
+#'                     panel.groups = panel.cbH))
+#'
+panel.cbH <- function(x, y, ly, uy,
+                      subscripts, cty,
+                      col.line = plot.line$col,
+                      lwd = plot.line$lwd,
+                      desloc = NULL,
+                      fill = 1, alpha = 0.1, length = 0.05, ...) {
+    plot.line <- trellis.par.get("plot.line")
+    if (is.null(desloc))
+        desloc <- rep(0, length(uy))
+    y <- as.numeric(y)
+    x <- as.numeric(x)
+    or <- order(x)
+    ly <- as.numeric(ly[subscripts])
+    uy <- as.numeric(uy[subscripts])
+    xo <- x[or]
+    yo <- y[or]
+    lyo <- ly[or]
+    uyo <- uy[or]
+    desl <- desloc[subscripts]
+    if (cty == "bands") {
+        panel.polygon(c(xo, rev(xo)), c(lyo, rev(uyo)), col = fill,
+                      alpha = alpha, border = NA)
+        panel.lines(xo, lyo, lty = 3, lwd = 0.5, col = col.line)
+        panel.lines(xo, uyo, lty = 3, lwd = 0.5, col = col.line)
+    }
+    if (cty == "bars") {
+        panel.arrows(xo + desl, lyo, xo + desl, uyo, length = length,
+                     code = 3, angle = 90, col = col.line, lwd = lwd)
+    }
+    panel.xyplot(x + desl, y, subscripts = subscripts,
+                 col.line = col.line, lwd = lwd, ...)
+}
+
+#' @name prepanel.cbH
+#' @rdname panel.cbH
+#' @author Walmes Zeviani baseado na lista de discussão R-help.
+#' @import lattice latticeExtra
+#' @export
+prepanel.cbH <- function(y, ly, uy, subscripts){
+    ly <- as.numeric(ly[subscripts])
+    uy <- as.numeric(uy[subscripts])
+    y <- as.numeric(y[subscripts])
+    list(ylim=range(y, uy, ly, finite=TRUE))
+}

man/panel.cbH.Rd

+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
+% Please edit documentation in R/panel.cbH.R
+\name{panel.cbH}
+\alias{panel.cbH}
+\alias{prepanel.cbH}
+\title{Função para Intervalos e Bandas de Confiança com a Lattice}
+\usage{
+panel.cbH(x, y, ly, uy, subscripts, cty, col.line = plot.line$col,
+  lwd = plot.line$lwd, desloc = NULL, fill = 1, alpha = 0.1,
+  length = 0.05, ...)
+
+prepanel.cbH(y, ly, uy, subscripts)
+}
+\arguments{
+\item{x, subscripts, col.line, lwd, ...}{Argumentos passados para a
+função \code{\link[lattice]{xyplot}}.}
+
+\item{y}{Valor central ou estimativa pontual.}
+
+\item{ly}{Limite inferior do intervalo/banda de confiança.}
+
+\item{uy}{Limite superior do intervalo/banda de confiança.}
+
+\item{cty}{Uma string que indica o tipo de representação. Atualmente
+são aceitos os valores \code{"bars"} para intervalos de confiança
+e \code{"bands"} para bandas de confiança.}
+
+\item{desloc}{Um vetor númerico nos quais os valores representam
+quantidades a somar/subtrair dos valores de \code{x} para não
+sobrepor intervalos. Com esse argumento pode-se representar mais
+de um intervalor por valor de \code{x}. Não é usado quando
+\code{cty = "bands"}}
+
+\item{fill}{Uma representação de cor para preencher o interior das
+bandas de confiança. Não é usado quando \code{cty = "bars"}.}
+
+\item{alpha}{Nível de transparência na cor de preenchimento das
+bandas de confiança para permitir sobrepor bandas. O valor
+default é 0.1. Não é usado quando \code{cty = "bars"}.}
+
+\item{length}{Comprimento para as extremidades dos intervalos que
+formam o "T". O valor default é 0.05. Não é usado quando
+\code{cty = "bands"}.}
+}
+\value{
+São usadas dentro de funções do pacote \pkg{lattice}.
+}
+\description{
+Essa função permite representar intervalos de confiança
+    e bandas de confiança em gráficos do pacote lattice.
+}
+\examples{
+
+library(lattice)
+library(latticeExtra)
+
+m0 <- lm(sqrt(dist) ~ speed, data = cars)
+pred <- with(cars, data.frame(speed = seq(min(speed),
+                                          max(speed),
+                                          length.out = 20)))
+aux <- predict(m0, newdata = pred, interval = "confidence")
+pred <- cbind(pred, aux)
+
+xyplot(sqrt(dist) ~ speed, data = cars) +
+    as.layer(xyplot(fit ~ speed, data = pred, type = "l",
+                    ly = pred$lwr, uy = pred$upr, cty = "bands",
+                    fill = "blue", alpha = 0.3,
+                    prepanel = prepanel.cbH,
+                    panel = panel.cbH))
+
+m1 <- lm(weight ~ feed, data = chickwts)
+pred <- with(chickwts, data.frame(feed = levels(feed)))
+aux <- predict(m1, newdata = pred, interval = "confidence")
+pred <- cbind(pred, aux)
+
+xyplot(weight~feed, data=chickwts)+
+    as.layer(xyplot(fit ~ feed, data = pred,
+                    ly = pred$lwr, uy = pred$upr,
+                    cty = "bars",
+                    prepanel = prepanel.cbH,
+                    desloc = rep(0.15, length(pred$fit)),
+                    panel = panel.cbH))
+
+da <- expand.grid(trt = gl(2, 1), x = 1:7)
+da$y <- with(da, as.integer(trt) + 0.5 * x + rnorm(x, 0, 0.4))
+xyplot(y ~ x, groups = trt, data = da)
+
+m2 <- lm(y ~ trt + x, data = da)
+
+pred <- with(da, expand.grid(trt = levels(trt),
+                             x = seq(min(x), max(x), length.out = 20)))
+aux <- predict(m2, newdata = pred, interval = "confidence")
+pred <- cbind(pred, aux)
+
+xyplot(y ~ x, groups = trt, data = da) +
+    as.layer(xyplot(fit ~ x, groups = trt, data = pred, type = "l",
+                    ly = pred$lwr, uy = pred$upr,
+                    cty = "bands", alpha = 0.25,
+                    prepanel = prepanel.cbH,
+                    panel = panel.superpose,
+                    panel.groups = panel.cbH))
+
+}
+\author{
+Walmes Zeviani baseado na lista de discussão R-help.
+
+Walmes Zeviani baseado na lista de discussão R-help.
+}
+\seealso{
+\code{\link{prepanel.cbH}}.
+}
+