Arquivos Rd e na inst/doc.

inst/doc/v04_poisson_generalizada.R

@@ -44,6 +44,36 @@ fy <- dpgnz0(y = y, theta = theta, gamma = gamma)
 plot(fy ~ y, type = "h", xlab = "y", ylab = "f(y)")
 lines(y + 0.3, dpois(y, lambda = theta), type = "h", col = 2)
 
+grid <- expand.grid(lambda = c(2, 8, 15),
+                    alpha = c(-0.05, 0, 0.05))
+y <- 0:35
+
+py <- mapply(FUN = dpgnz,
+             lambda = grid$lambda,
+             alpha = grid$alpha,
+             MoreArgs = list(y = y), SIMPLIFY = FALSE)
+grid <- cbind(grid[rep(1:nrow(grid), each = length(y)), ],
+              y = y,
+              py = unlist(py))
+
+useOuterStrips(xyplot(py ~ y | factor(lambda) + factor(alpha),
+                      ylab = expression(f(y)),
+                      xlab = expression(y),
+                      data = grid, type = "h",
+                      panel = function(x, y, ...) {
+                          m <- sum(x * y)
+                          panel.xyplot(x, y, ...)
+                          panel.abline(v = m, lty = 2)
+                      }),
+               strip = strip.custom(
+                   strip.names = TRUE,
+                   var.name = expression(lambda == ""),
+                   sep = ""),
+               strip.left = strip.custom(
+                   strip.names = TRUE,
+                   var.name = expression(alpha == ""),
+                   sep = ""))
+
 ## ---- eval=FALSE--------------------------------------------------
 #  react <- function(panel){
 #      with(panel,

inst/doc/v06_gamma_count.R

@@ -200,6 +200,53 @@ c(mean(y),
   fitted.gcnt(lambda = exp(coef(n1)[2]),
               alpha = exp(coef(n1)[1]), ymax = 100))
 
+#-----------------------------------------------------------------------
+# A E(y) por sum(y * p(py)) e por lambda como função de alpha.
+
+grid <- expand.grid(lambda = exp(seq(-3, 3, length.out = 30)),
+                    alpha = exp(seq(-2, 2, length.out = 11)),
+                    KEEP.OUT.ATTRS = FALSE)
+summary(grid)
+
+y <- 0:500
+py <- mapply(FUN = dgcnt,
+             lambda = grid$lambda,
+             alpha = grid$alpha,
+             MoreArgs = list(y = y), SIMPLIFY = FALSE)
+grid$m <- sapply(py, FUN = function(py) sum(y * py))
+grid$alpha <- round(grid$alpha, 3)
+str(grid)
+
+cl <- brewer.pal(n = 10, name = "Spectral")
+
+xyplot(m ~ lambda, groups = alpha, data = grid, type = "l",
+       aspect = "iso", grid = TRUE, lwd = 2,
+       xlab = expression(lambda),
+       ylab = expression(sum(y %.% f(y))),
+       auto.key = list(space = "right",
+                       title = expression(alpha),
+                       points = FALSE, lines = TRUE),
+       par.settings = list(superpose.line = list(col = cl))) +
+    layer(panel.abline(a = 0, b = 1, lty = 2)) +
+    layer(panel.rect(xleft = 0, ybottom = 0,
+                     xright = 5, ytop = 5, lty = 2)) +
+    layer(panel.arrows(7, 13, 13, 7, length = 0.1)) +
+    layer(panel.text(x = 13, y = 7,
+                     labels = expression(alpha), pos = 4))
+
+xyplot(m ~ lambda, groups = alpha, type = "l",
+       data = subset(grid, findInterval(lambda, vec = c(0, 5)) == 1),
+       xlab = expression(lambda),
+       ylab = expression(sum(y %.% f(y))),
+       aspect = "iso", grid = TRUE, lwd = 2,
+       auto.key = list(space = "right",
+                       title = expression(alpha),
+                       points = FALSE, lines = TRUE),
+       par.settings = list(superpose.line = list(col = cl))) +
+    layer(panel.abline(a = 0, b = 1, lty = 2)) +
+    layer(panel.abline(a = -0.5, b = 1, lty = 2)) +
+    layer(panel.abline(a = 1, b = 1, lty = 2))
+
 ## -----------------------------------------------------------------
 #-----------------------------------------------------------------------
 # Carregando e explorando os dados.

man/cambras.Rd

-% Generated by roxygen2 (4.1.1): do not edit by hand
+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
 % Please edit documentation in R/cambras.R
 \name{cambras}
 \alias{cambras}
@@ -26,6 +26,7 @@ Dados sobre o número de gols dos times mandantes e
     2010.
 }
 \examples{
+
 # Resultados finais na internet.
 # browseURL(paste0("http://esportes.terra.com.br/futebol/",
 #                  "brasileiro/2010/noticias/0,,OI4339585-EI15413",
@@ -79,5 +80,6 @@ pl10 <- cbind(pl10, ldw[, 3:1], gsgc)
 pl10 <- plyr::arrange(pl10, -pts)
 pl10$pos <- rank(-pl10$pts)
 pl10
+
 }
 

man/confterm.Rd

 % Generated by roxygen2: do not edit by hand
 % Please edit documentation in R/confterm.R
 \name{confterm}
+\alias{conftemp}
 \alias{confterm}
 \title{Resfriamento da Cobertura de Aviários na Mortalidade de Aves}
-\format{Um \code{data.frame} com 176 observações e 4 variáveis, em
-    que
+\format{\code{confterm} é um \code{data.frame} com 176 observações e
+    4 variáveis, em que
 
 \describe{
 
@@ -20,6 +21,26 @@
 
 \item{\code{nap}}{Número de aves perdidas (ou mortas) por dia.}
 
+}
+
+\code{conftemp} é um \code{data.frame} com 456 observações e 6
+    variáveis, em que
+
+\describe{
+
+\item{\code{hora}}{As horas em cada dia, retomando do 0 em cada novo
+    dia.}
+
+\item{\code{hr}}{As horas a partir o primeiro dia continuamente.}
+
+\item{\code{idade}}{A idade dos animais, em dias.}
+
+\item{\code{h}}{Entalpia específica do ar.}
+
+\item{\code{ctr}}{Carga térmica de radiação.}
+
+\item{\code{itgu}}{Índice de temperatura de globo negro e umidade.}
+
 }}
 \source{
 MACHADO, N. S.; TINÔCO, I. D. F. F.; ZOLNIER, S.; MOGAMI,
@@ -39,12 +60,25 @@ Resultados de um experimento que estudou o efeito do
     aves por calor. Nesse experimento, o sistema só foi utilizado a
     partir dos 21 dias de idade. A cada dia foi contado o número de
     aves encontradas mortas no aviário.
+
+Fora dos galpões, um sistema de monitoramento das variáveis
+    ambientais registrou, em intervalos de 1 hora dos 21 aos 39 dias
+    de idade, as variáveis para que fossem determinados: a entalpia
+    específica do ar (H), a carga térmica de radiação (CTR) e o
+    índice de temperatura de globo negro e umidade (ITGU). Essas
+    variáveis tem a finalidade de explicar a variação da mortalidade
+    das aves nos sistemas de resfriamento ao longo dos dias.
 }
 \examples{
 
+#-----------------------------------------
+# Gráfico da mortalidade das aves.
+
 library(lattice)
+library(latticeExtra)
 
 str(confterm)
+summary(confterm)
 
 xtabs(~idade + resfr, data = confterm)
 
@@ -57,5 +91,45 @@ xyplot(nap ~ idade | resfr, data = confterm,
                                 "Sem sistema de resfriamento")),
        auto.key = list(corner = c(0.05, 0.9)))
 
+#-----------------------------------------
+# Gráfico das variáveis térmicas.
+
+# Amplitude estendida das variáveis.
+lim <- with(conftemp, apply(cbind(h, ctr, itgu), MARGIN = 2,
+                            FUN = extendrange, f = 0.2))
+
+# Anotação da eixo x do gráfico.
+scales <- list(
+    y = list(relation = "free"),
+    x = list(at = seq(from = 1,
+                      to = ceiling(max(conftemp$hr/24)) * 24,
+                      by = 24)))
+scales$x$labels <- seq_along(scales$x$at)
+
+xyplot(h + ctr + itgu ~ hr, data = conftemp,
+       outer = TRUE, type = "l", layout = c(1, NA),
+       scales = scales, xlim = range(scales$x$at),
+       xlab = "Dias",
+       ylab = "Variáveis térmicas",
+       panel = function(y, subscripts, ...) {
+           wp <- which.packet()
+           r <- lim[, wp[1]]
+           panel.rect(10.5 + 24 * (scales$x$labels - 1), r[1],
+                      20 + 24 * (scales$x$labels - 1), r[2],
+                      col = "blue",
+                      border = "transparent",
+                      alpha = 0.25)
+           panel.xyplot(y = y, subscripts = subscripts, ...)
+       })
+
+# Valores máximos do dia.
+tempdia <- aggregate(cbind(hm = h, cm = ctr, im = itgu) ~ idade,
+                     data = conftemp, FUN = max)
+
+splom(tempdia[, -1])
+
+confterm <- merge(confterm, tempdia, by = "idade")
+str(confterm)
+
 }
 

man/ninfas.Rd

-% Generated by roxygen2 (4.1.1): do not edit by hand
+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
 % Please edit documentation in R/ninfas.R
 \name{ninfas}
 \alias{ninfas}
@@ -40,6 +40,7 @@ Experimento conduzido em casa de vegetação sob o
     em 6 datas dentre os 38 dias do estudo.
 }
 \examples{
+
 data(ninfas)
 str(ninfas)
 

man/panel.beeswarm.Rd

-% Generated by roxygen2 (4.1.1): do not edit by hand
+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
 % Please edit documentation in R/panel.beeswarm.R
 \name{panel.beeswarm}
 \alias{panel.beeswarm}
@@ -7,18 +7,18 @@
 panel.beeswarm(x, y, subscripts, spread, ...)
 }
 \arguments{
-\item{x,y,subscripts,...}{Argumentos passados para a
-    \code{\link[lattice]{panel.xyplot}}.}
+\item{x, y, subscripts, ...}{Argumentos passados para a
+\code{\link[lattice]{panel.xyplot}}.}
 
 \item{spread}{Um escalar numérico a distância entre os pontos. Esse
-    valor é obtido por tentativa erro e toda vez que mudar as
-    dimensões do gráfico, eles precisam ser novamente fornecidos, no
-    entanto são valores na escala do eixo \code{x} e por isso são
-    baseados nas distâncias entre os níveis do fator representado
-    neste eixo. Como sugestão, abra sempre a janela gráfica
-    (\code{x11()}) ou faça a exportação (\code{png()}, \code{pdf()},
-    etc) com dimensões conhecidas e calibre o \code{spred} para que
-    seja exibido adequadamente.}
+valor é obtido por tentativa erro e toda vez que mudar as
+dimensões do gráfico, eles precisam ser novamente fornecidos, no
+entanto são valores na escala do eixo \code{x} e por isso são
+baseados nas distâncias entre os níveis do fator representado
+neste eixo. Como sugestão, abra sempre a janela gráfica
+(\code{x11()}) ou faça a exportação (\code{png()}, \code{pdf()},
+etc) com dimensões conhecidas e calibre o \code{spred} para que
+seja exibido adequadamente.}
 }
 \value{
 A função passa conteúdo para o argumento \code{panel}.
@@ -28,6 +28,7 @@ Used to make scatter plot of discrete variables with no
 overlapping points. Observations with the same y value are spread.
 }
 \examples{
+
 data(capdesfo)
 str(capdesfo)
 
@@ -53,6 +54,7 @@ xyplot(ncap ~ est | factor(des), data = capdesfo,
                          labels = substr(levels(capdesfo$est),
                                          start = 1, stop = 3))),
        spread = 0.35, panel = panel.beeswarm)
+
 }
 \author{
 Walmes Zeviani baseado no pacote

man/panel.groups.segplot.Rd

-% Generated by roxygen2 (4.1.1): do not edit by hand
+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
 % Please edit documentation in R/panel.groups.segplot.R
 \name{panel.groups.segplot}
 \alias{panel.groups.segplot}
@@ -8,17 +8,17 @@ panel.groups.segplot(x, y, z, centers, groups, gap = NULL, data, subscripts,
   ...)
 }
 \arguments{
-\item{x,y,z,centers,data,subscripts,...}{Argumentos passados para a
-    \code{\link[latticeExtra]{segplot}}.}
+\item{x, y, z, centers, data, subscripts, ...}{Argumentos passados para a
+\code{\link[latticeExtra]{segplot}}.}
 
 \item{groups}{A variável (\code{factor}) de agrupamento, de mesmo
-    comprimento de \code{lwr} e \code{upr}.}
+comprimento de \code{lwr} e \code{upr}.}
 
 \item{gap}{Escalar que representa a distância entre os segmentos. O
-    valor default é 0,1. Como um fator com \eqn{k} níveis é
-    representado pelos números inteiros \eqn{1, 2, \ldots, k}, então
-    \eqn{0 \leq \textrm{gap} < 1/k}. Se for usado um valor negativo,
-    os intervalos serão apresentados em ordem inversa.}
+valor default é 0,1. Como um fator com \eqn{k} níveis é
+representado pelos números inteiros \eqn{1, 2, \ldots, k}, então
+\eqn{0 \leq \textrm{gap} < 1/k}. Se for usado um valor negativo,
+os intervalos serão apresentados em ordem inversa.}
 }
 \value{
 A função é passada para o argumento \code{panel} e retorna
@@ -31,6 +31,7 @@ Essa função permite fazer intervalos de confiança (ou
     sobrepostos.
 }
 \examples{
+
 library(latticeExtra)
 
 m0 <- lm(log(breaks) ~ wool * tension, data = warpbreaks)
@@ -50,6 +51,7 @@ segplot(wool ~ lwr + upr, centers = fit, data = pred,
         draw = FALSE, horizontal = FALSE,
         groups = tension, gap = NULL,
         panel = panel.groups.segplot)
+
 }
 \author{
 Walmes Zeviani