Adiciona 4 datasets ao projeto

  - capdesfo: número de capulhos sob efeito de desfolha (sub)
  - capmosca: número de capulhos sob exposição à mosca branca (sub)
  - ninfas: número de ninfas de mosca branca em plantas de soja (super)
  - peixes: número de peixes capturados em passeios a um parque (zeros)

R/capdesfo.R

+#' @name capdesfo
+#' @title Capulhos de Algodão em Função de Desfolha Artificial
+#' @description Experimento conduzido sob delineamento interamente
+#'     casualizado com 5 repetições em casa de vegetação com plantas de
+#'     algodão \emph{Gossypium hirsutum} submetidas à diferentes níveis
+#'     de desfolha artificial de remoção foliar, em combinação com o
+#'     estágio fenológico no qual a desfolha foi aplicada. A unidade
+#'     experimental foi um vaso com duas plantas onde avaliou-se o
+#'     número de capulhos produzidos ao final da ciclo cultura.
+#' @format Um code{data.frame} com 125 observações e 4 variáveis
+#'
+#' \describe{
+#'
+#' \item{\code{est}}{Um fator categórico com 5 níveis que representa o
+#'     estágio fenológico da planto durante a aplicação da desfolha.}
+#'
+#' \item{\code{des}}{Um fator numérico com 5 níveis que representa o
+#'     nível de desfolha artificial (percentual da área da folha}
+#'     removida com tesoura) aplicada a todas as folhas na planta.
+#'
+#' \item{\code{rept}}{Inteiro que representa cada unidade experimental.}
+#'
+#' \item{\code{ncap}}{Inteiro que representa o número de capulhos de
+#'     algodão produzidos ao final da ciclo cultura.}
+#' }
+#'
+#' @references Silva, A. M., Degrande, P. E., Suekane, R., Fernandes,
+#'     M. G., & Zeviani, W. M. (2012). Impacto de diferentes níveis de
+#'     desfolha artificial nos estádios fenológicos do
+#'     algodoeiro. Revista de Ciências Agrárias, 35(1), 163–172.
+#'
+#' Zeviani, W. M., Ribeiro, P. J., Bonat, W. H., Shimakura, S. E., &
+#'     Muniz, J. A. (2014). The Gamma-count distribution in the analysis
+#'     of experimental underdispersed data. Journal of Applied
+#'     Statistics, 41(12),
+#'     1–11. \url{http://doi.org/10.1080/02664763.2014.922168}
+#'
+#' @examples
+#' data(capdesfo)
+#' str(capdesfo)
+#'
+#' library(lattice)
+#'
+#' xyplot(ncap ~ des | est,
+#'        data = capdesfo,
+#'        layout = c(NA, 2),
+#'        type = c("p", "smooth"),
+#'        xlab = "Níveis de desfolha artificial",
+#'        ylab = "Número de capulhos produzidos",
+#'        xlim = extendrange(c(0:1), f = 0.15),
+#'        jitter.x = TRUE,
+#'        grid = TRUE)
+#'
+#' # Média e variância amostral para cada unidade experimental
+#' (mv <- aggregate(ncap ~ est + des, data = capdesfo,
+#'                 FUN = function(x) c(mean = mean(x), var = var(x))))
+#' xlim <- ylim <- extendrange(c(mv$ncap), f = 0.05)
+#'
+#' # Evidência de subdispersão
+#' xyplot(ncap[, "var"] ~ ncap[, "mean"],
+#'        data = mv,
+#'        xlim = xlim,
+#'        ylim = ylim,
+#'        ylab = "Variância Amostral",
+#'        xlab = "Média Amostral",
+#'        panel = function(x, y) {
+#'            panel.xyplot(x, y, type = c("p", "r"), grid = TRUE)
+#'            panel.abline(a = 0, b = 1, lty = 2)
+#'        })
+NULL

R/capmosca.R

+#' @name capmosca
+#' @title Capulhos de Algodão em Função da Exposição à Mosca Branca
+#' @description Experimento conduzido na Universidade Federal da Grande
+#'     Dourados (UFGD) em 2007, cujo objetivo foi avaliar os impactos da
+#'     exposição de plantas à alta infestação de Mosca-Branca
+#'     \emph{Bemisia tabaci} em componentes de produção do algodão. No
+#'     experimento, plantas de algodão foram expostas à alta infestação
+#'     da praga por períodos diferentes e ao final do experimento
+#'     avaliou-se o número de capulhos produzidos, o número de
+#'     estruturas reprodutivas, o número de nós, a altura da planta e o
+#'     peso dos capulhos por vaso. A condução do estudo deu-se via
+#'     delineamento interamente casualizado com 5 vasos, contendo duas
+#'     plantas, para cada período de exposição.
+#' @format Um \code{data.frame} com 60 observações e 8 variáveis.
+#'     \describe{
+#'
+#' \item{\code{dexp}}{Inteiro com 6 valores que representa os dias de
+#'     exposição à alta infestação de Mosca-Branca.}
+#'
+#' \item{\code{vaso}}{Fator que indica o vaso no qual foram mensurados
+#'     os componentes de produção do algodão.}
+#'
+#' \item{\code{planta}}{Fator que indica a planta na qual foram
+#'     mensurados os componentes de produção do algodão.}
+#'
+#' \item{\code{alt}}{Altura da planta, mensurada em centímetros.}
+#'
+#' \item{\code{pesocap}}{Peso dos capulhos de algodão, mesurado para
+#'     cada vaso (que contém duas plantas). No \code{data.frame} somente
+#'     a primeira planta do vaso contém a observação do peso.}
+#'
+#' \item{\code{nerep}}{Contagem do número de estruturas reprodutivas da
+#'     planta.}
+#'
+#' \item{\code{ncapu}}{Contagem do número de capulhos produzidos.}
+#'
+#' \item{\code{nnos}}{Contagem do número de nós da planta.}
+#'
+#' }
+#'
+#' @examples
+#' data(capmosca)
+#' str(capmosca)
+#'
+#' library(lattice)
+#'
+#' # Número de capulhos produzidos por vaso
+#' da <- aggregate(ncapu ~ vaso + dexp, data = capmosca, FUN = sum)
+#' xyplot(ncapu ~ dexp,
+#'        data = da,
+#'        jitter.x = TRUE,
+#'        type = c("p", "g", "smooth"))
+#'
+#' # Número de capulhos produzidos por planta
+#' xyplot(ncapu ~ dexp, groups = planta,
+#'        data = capmosca,
+#'        jitter.x = TRUE,
+#'        type = c("p", "g", "smooth"))
+#'
+#' # Número de estruturas reprodutivas da planta
+#' xyplot(nerep ~ dexp, groups = planta,
+#'        data = capmosca,
+#'        jitter.x = TRUE,
+#'        type = c("p", "g", "smooth"))
+#'
+#' # Número de nós da planta
+#' xyplot(nnos ~ dexp, groups = planta,
+#'        data = capmosca,
+#'        jitter.x = TRUE,
+#'        type = c("p", "g", "smooth"))
+#'
+NULL

R/ninfas.R

+#' @name ninfas
+#' @title Ninfas de Mosca-Branca em Lavoura de Soja
+#' @description Experimento conduzido em casa de vegetação sob o
+#'     delineamento de blocos casualizados. No experimento foram
+#'     avaliadas plantas de diferentes cultivares de soja contabilizando
+#'     o número de ninfas de mosca-branca nos folíolos dos terços
+#'     superior, médio e inferior das plantas. As avaliações ocorreram
+#'     em 6 datas dentre os 38 dias do estudo.
+#' @format Um \code{data.frame} com 240 observações e 8 variáveis.
+#'     \describe{
+#'
+#' \item{\code{data}}{Data em que foram avaliadas as plantas de soja.}
+#'
+#' \item{\code{dias}}{Inteiro que indica o número de dias após o
+#'     experimento no ato da avaliação.}
+#'
+#' \item{\code{cult}}{Fator com a identificação da cultivar de
+#'     soja. Foram 10 cultivares avaliadas neste experimento.}
+#'
+#' \item{\code{bloco}}{Fator com 4 níveis que representam os blocos
+#'     utilizados para controle de variação local.}
+#'
+#' \item{\code{nsup}}{Número de ninfas de mosca-branca nos folíolos do
+#'     terço superior.}
+#'
+#' \item{\code{nmed}}{Número de ninfas de mosca-branca nos folíolos do
+#'     terço médio.}
+#'
+#' \item{\code{ninf}}{Número de ninfas de mosca-branca nos folíolos do
+#'     terço inferior.}
+#'
+#' \item{\code{ntot}}{Número de ninfas de mosca-branca considerando
+#'     todos os folíolos (soma de \code{nsup}, \code{nmed},
+#'     \code{ntot}).}
+#'
+#' }
+#'
+#' @references Suekane, R., Degrande, P. E., de Lima Junior, I. S., de
+#'     Queiroz, M. V. B. M., & Rigoni, E. R. (2013). Danos da
+#'     Mosca-Branca Bemisia Tabaci e distribuição vertical das ninfas em
+#'     cultivares de soja em casa de vegetação. Arquivos do Instituto
+#'     Biológico, 80(2), 151-158.
+#' @examples
+#' data(ninfas)
+#' str(ninfas)
+#'
+#' library(lattice)
+#'
+#' xyplot(ntot ~ dias | cult,
+#'        data = ninfas,
+#'        type = c("p", "spline"),
+#'        grid = TRUE,
+#'        as.table = TRUE,
+#'        layout = c(NA, 2))
+#'
+#' # Somente as cultivares que contém BRS na identificação
+#' da <- droplevels(subset(ninfas, grepl("BRS", x = cult)))
+#'
+#' xyplot(ntot ~ dias | cult,
+#'        data = da,
+#'        type = c("p", "spline"),
+#'        grid = TRUE,
+#'        as.table = TRUE,
+#'        layout = c(NA, 2))
+NULL
+

R/peixe.R

+#' @name peixe
+#' @title Peixes Capturados por Pescadores em um Parque Estadual
+#' @description Dados sobre 250 grupos que foram ao parque ao parque
+#'     estadual para pescar. As informações coletadas foram refentes a
+#'     presenção ou não de um campista, ao número de crianças no grupo e
+#'     ao número de indivíduos no grupo.
+#' @format Um \code{data.frame} com 250 observações e 4 variáveis.
+#'     \describe{
+#' 
+#' \item{\code{campista}}{Fator com dois níveis que representa a
+#'     presença (\code{1}) ou ausência (\code{0}) de um campista no
+#'     grupo.}
+#' 
+#' \item{\code{ncriancas}}{Número de crianças no grupo.}
+#' 
+#' \item{\code{npessoas}}{Número total de pessoas no grupo.}
+#' 
+#' \item{\code{npeixes}}{Número de peixes capturados pelo grupo.}
+#' 
+#' }
+#'
+#' @references Calvin, J. A. (1998). Regression Models for Categorical
+#'     and Limited Dependent Variables. Technometrics, 40(1), 80-81.
+#' @examples
+#'
+#' data(peixe)
+#' (proptb <- prop.table(table(peixe$npeixes)))
+#' plot(proptb)
+#' 
+#' library(lattice)
+#' # Contagens (marginal aos efeitos das covariáveis)
+#' histogram(~npeixes, data = peixe, nint = 50)
+#' 
+#' # Contagens com relação as covariáveis
+#' xyplot(npeixes ~ ncriancas + npessoas,
+#'        groups = campista,
+#'        data = peixe,
+#'        jitter.x = TRUE,
+#'        type = c("p", "g", "smooth"))
+#'
+NULL

data-raw/capdesfo.txt

+est	des	rept	ncap
+vegetativo	0	1	10
+vegetativo	0	2	9
+vegetativo	0	3	8
+vegetativo	0	4	8
+vegetativo	0	5	10
+vegetativo	0.25	1	11
+vegetativo	0.25	2	9
+vegetativo	0.25	3	10
+vegetativo	0.25	4	10
+vegetativo	0.25	5	10
+vegetativo	0.5	1	8
+vegetativo	0.5	2	8
+vegetativo	0.5	3	10
+vegetativo	0.5	4	8
+vegetativo	0.5	5	9
+vegetativo	0.75	1	9
+vegetativo	0.75	2	7
+vegetativo	0.75	3	7
+vegetativo	0.75	4	8
+vegetativo	0.75	5	9
+vegetativo	1	1	8
+vegetativo	1	2	6
+vegetativo	1	3	6
+vegetativo	1	4	5
+vegetativo	1	5	6
+botao floral	0	1	7
+botao floral	0	2	8
+botao floral	0	3	8
+botao floral	0	4	9
+botao floral	0	5	10
+botao floral	0.25	1	9
+botao floral	0.25	2	12
+botao floral	0.25	3	7
+botao floral	0.25	4	10
+botao floral	0.25	5	9
+botao floral	0.5	1	8
+botao floral	0.5	2	9
+botao floral	0.5	3	9
+botao floral	0.5	4	10
+botao floral	0.5	5	8
+botao floral	0.75	1	11
+botao floral	0.75	2	10
+botao floral	0.75	3	7
+botao floral	0.75	4	8
+botao floral	0.75	5	8
+botao floral	1	1	7
+botao floral	1	2	7
+botao floral	1	3	7
+botao floral	1	4	7
+botao floral	1	5	8
+florecimento	0	1	10
+florecimento	0	2	9
+florecimento	0	3	8
+florecimento	0	4	12
+florecimento	0	5	8
+florecimento	0.25	1	7
+florecimento	0.25	2	5
+florecimento	0.25	3	5
+florecimento	0.25	4	7
+florecimento	0.25	5	5
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+florecimento	0.5	3	7
+florecimento	0.5	4	4
+florecimento	0.5	5	7
+florecimento	0.75	1	8
+florecimento	0.75	2	5
+florecimento	0.75	3	7
+florecimento	0.75	4	6
+florecimento	0.75	5	4
+florecimento	1	1	5
+florecimento	1	2	5
+florecimento	1	3	4
+florecimento	1	4	4
+florecimento	1	5	5
+maca	0	1	8
+maca	0	2	10
+maca	0	3	7
+maca	0	4	8
+maca	0	5	10
+maca	0.25	1	9
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+maca	0.5	1	9
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+maca	0.5	4	8
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+maca	0.75	1	6
+maca	0.75	2	6
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+maca	0.75	5	7
+maca	1	1	3
+maca	1	2	3
+maca	1	3	2
+maca	1	4	4
+maca	1	5	3
+capulho	0	1	11
+capulho	0	2	7
+capulho	0	3	9
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+capulho	0.5	2	7
+capulho	0.5	3	7
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+capulho	0.75	3	10
+capulho	0.75	4	8
+capulho	0.75	5	10
+capulho	1	1	9
+capulho	1	2	8
+capulho	1	3	10
+capulho	1	4	8
+capulho	1	5	10

data-raw/capmosca.txt

+dexp	vaso	planta	alt	pesocap	nerep	ncapu	nnos
+0	1	1	70.5	25.25	4	4	13
+0	1	2	67.5	NA	4	4	14
+0	2	1	72	28.49	3	2	14
+0	2	2	70	NA	5	5	15
+0	3	1	64	31.8	5	5	15
+0	3	2	64.5	NA	5	5	11
+0	4	1	67.5	32.06	5	5	14
+0	4	2	61	NA	5	5	11
+0	5	1	70	29.84	4	4	14
+0	5	2	70	NA	5	5	15
+1	1	1	77	16.95	4	3	17
+1	1	2	67	NA	2	2	18
+1	2	1	74	26.95	3	3	17
+1	2	2	76	NA	4	4	15
+1	3	1	67	25.71	5	3	17
+1	3	2	70.5	NA	5	5	15
+1	4	1	76	27.3	4	4	16
+1	4	2	74.5	NA	4	4	16
+1	5	1	69	33.47	5	5	16
+1	5	2	73	NA	6	6	16
+2	1	1	86.5	21.19	6	5	14
+2	1	2	78	NA	3	3	16
+2	2	1	84	10.24	2	1	21
+2	2	2	91.5	NA	3	2	17
+2	3	1	69.5	23.94	4	4	15
+2	3	2	72.5	NA	4	3	15
+2	4	1	72.5	33.75	4	4	14
+2	4	2	70	NA	4	3	16
+2	5	1	69	25.33	5	5	15
+2	5	2	83	NA	4	4	18
+3	1	1	77.5	27.97	4	4	15
+3	1	2	60	NA	3	3	12
+3	2	1	80	24.75	6	6	17
+3	2	2	61	NA	4	3	13
+3	3	1	81.5	25.3	3	3	15
+3	3	2	76.5	NA	3	3	15
+3	4	1	81	24.84	3	3	16
+3	4	2	77	NA	3	3	17
+3	5	1	72	24.12	2	2	16
+3	5	2	80	NA	4	4	18
+4	1	1	81	27.53	3	3	14
+4	1	2	76.5	NA	5	5	13
+4	2	1	86.5	14.68	2	2	17
+4	2	2	79	NA	3	3	16
+4	3	1	77	27.36	4	4	16
+4	3	2	87	NA	4	4	17
+4	4	1	82	24.27	3	2	16
+4	4	2	80.5	NA	5	5	17
+4	5	1	91	32.47	5	5	18
+4	5	2	83.5	NA	4	4	14
+5	1	1	71	26.39	4	4	17
+5	1	2	71	NA	3	3	14
+5	2	1	86	26.87	5	5	15
+5	2	2	60.5	NA	3	3	16
+5	3	1	88	24.6	3	3	16
+5	3	2	84.5	NA	3	3	17
+5	4	1	75	30.68	6	6	14
+5	4	2	92	NA	4	4	19
+5	5	1	65	23.5	4	4	15
+5	5	2	72	NA	3	3	14

data-raw/ninfas.txt

+data	dias	cult	bloco	nsup	nmed	ninf	ntot
+2009-12-11	0	BRS 245 RR	I	168	71	39	278
+2009-12-11	0	BRS 245 RR	II	30	46	22	98
+2009-12-11	0	BRS 245 RR	III	28	36	7	71
+2009-12-11	0	BRS 245 RR	IV	6	1	31	38
+2009-12-11	0	BRS 243 RR	I	31	22	28	81
+2009-12-11	0	BRS 243 RR	II	4	6	10	20
+2009-12-11	0	BRS 243 RR	III	3	12	27	42
+2009-12-11	0	BRS 243 RR	IV	48	76	13	137
+2009-12-11	0	BRS 246 RR	I	100	50	34	184
+2009-12-11	0	BRS 246 RR	II	54	15	7	76
+2009-12-11	0	BRS 246 RR	III	1	50	12	63
+2009-12-11	0	BRS 246 RR	IV	9	2	13	24
+2009-12-11	0	BRS 239	I	40	32	44	116
+2009-12-11	0	BRS 239	II	76	38	16	130
+2009-12-11	0	BRS 239	III	52	43	25	120
+2009-12-11	0	BRS 239	IV	23	41	16	80
+2009-12-11	0	EMBRAPA 48	I	84	61	56	201
+2009-12-11	0	EMBRAPA 48	II	129	189	133	451
+2009-12-11	0	EMBRAPA 48	III	84	35	12	131
+2009-12-11	0	EMBRAPA 48	IV	34	17	30	81
+2009-12-11	0	CD 214 RR	I	17	137	3	157
+2009-12-11	0	CD 214 RR	II	107	95	31	233
+2009-12-11	0	CD 214 RR	III	130	120	26	276
+2009-12-11	0	CD 214 RR	IV	0	34	25	59
+2009-12-11	0	CD 202	I	16	21	12	49
+2009-12-11	0	CD 202	II	260	34	44	338
+2009-12-11	0	CD 202	III	91	67	19	177
+2009-12-11	0	CD 202	IV	5	2	7	14
+2009-12-11	0	M 7908 RR	I	27	37	29	93
+2009-12-11	0	M 7908 RR	II	103	72	32	207
+2009-12-11	0	M 7908 RR	III	50	60	32	142
+2009-12-11	0	M 7908 RR	IV	53	26	41	120
+2009-12-11	0	VMAX RR	I	24	12	11	47
+2009-12-11	0	VMAX RR	II	67	6	15	88
+2009-12-11	0	VMAX RR	III	0	0	0	0
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+2009-12-11	0	CD 219 RR	II	391	208	88	687
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+2009-12-11	0	CD 219 RR	IV	38	39	93	170
+2009-12-19	8	BRS 245 RR	I	147	54	37	238
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+2009-12-19	8	BRS 243 RR	I	79	96	38	213
+2009-12-19	8	BRS 243 RR	II	4	20	19	43
+2009-12-19	8	BRS 243 RR	III	19	2	12	33
+2009-12-19	8	BRS 243 RR	IV	8	3	5	16
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+2009-12-19	8	BRS 239	I	53	14	7	74
+2009-12-19	8	BRS 239	II	144	38	12	194
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+2009-12-19	8	BRS 239	IV	49	23	30	102
+2009-12-19	8	EMBRAPA 48	I	69	38	19	126
+2009-12-19	8	EMBRAPA 48	II	172	158	83	413
+2009-12-19	8	EMBRAPA 48	III	150	104	32	286
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+2009-12-19	8	CD 214 RR	I	36	25	10	71
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+2009-12-19	8	CD 202	III	77	51	23	151
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+2009-12-19	8	M 7908 RR	I	52	15	12	79
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+2009-12-19	8	M 7908 RR	IV	21	10	16	47
+2009-12-19	8	VMAX RR	I	53	17	9	79
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+2009-12-24	13	BRS 245 RR	II	47	56	14	117
+2009-12-24	13	BRS 245 RR	III	32	14	10	56
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+2009-12-24	13	BRS 243 RR	I	85	38	11	134
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+2009-12-24	13	BRS 246 RR	III	17	23	13	53
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+2009-12-24	13	EMBRAPA 48	I	135	44	43	222
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+2009-12-24	13	M 7908 RR	II	216	152	151	519
+2009-12-24	13	M 7908 RR	III	62	32	22	116
+2009-12-24	13	M 7908 RR	IV	82	24	19	125
+2009-12-24	13	VMAX RR	I	57	9	16	82
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+2009-12-24	13	CD 219 RR	II	15	751	423	1189
+2009-12-24	13	CD 219 RR	III	131	79	13	223
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+2010-01-02	22	EMBRAPA 48	I	10	7	13	30
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+2010-01-02	22	M 7908 RR	I	22	11	2	35
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+2010-01-02	22	M 7908 RR	IV	101	83	60	244
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+2010-01-02	22	CD 219 RR	IV	77	88	9	174
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+2010-01-11	31	BRS 245 RR	II	3	5	2	10
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+2010-01-11	31	BRS 246 RR	I	4	9	6	19
+2010-01-11	31	BRS 246 RR	II	3	4	0	7
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+2010-01-11	31	BRS 239	II	1	0	0	1
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+2010-01-11	31	BRS 239	IV	2	0	1	3
+2010-01-11	31	EMBRAPA 48	I	0	2	1	3
+2010-01-11	31	EMBRAPA 48	II	2	0	0	2
+2010-01-11	31	EMBRAPA 48	III	3	1	2	6
+2010-01-11	31	EMBRAPA 48	IV	1	0	1	2
+2010-01-11	31	CD 214 RR	I	2	0	1	3
+2010-01-11	31	CD 214 RR	II	3	7	4	14
+2010-01-11	31	CD 214 RR	III	4	16	8	28
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+2010-01-11	31	CD 202	I	12	2	0	14
+2010-01-11	31	CD 202	II	7	1	4	12
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+2010-01-11	31	M 7908 RR	II	11	6	4	21
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+2010-01-11	31	VMAX RR	I	1	1	1	3
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+2010-01-11	31	CD 219 RR	I	65	12	4	81
+2010-01-11	31	CD 219 RR	II	217	145	27	389
+2010-01-11	31	CD 219 RR	III	10	2	1	13
+2010-01-11	31	CD 219 RR	IV	11	4	0	15
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+2010-01-18	38	CD 202	I	1	9	6	16
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+2010-01-18	38	M 7908 RR	II	5	0	0	5
+2010-01-18	38	M 7908 RR	III	1	0	0	1
+2010-01-18	38	M 7908 RR	IV	2	0	0	2
+2010-01-18	38	VMAX RR	I	0	1	0	1
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+2010-01-18	38	CD 219 RR	I	49	12	2	63