Adiciona mantel test.

parent 7c39106b
......@@ -62,6 +62,8 @@ fsim <- c(fsim, fobs)
# P-valor do teste.
sum(fsim >= fobs)/length(fsim)
choose(12, 4) * choose(8, 4)
#-----------------------------------------------------------------------
# Teste de aleatorização para a correlação.
......@@ -93,7 +95,7 @@ sim <- matrix(NA,
ncol = length(cont),
nrow = length(cont),
dimnames = list(cont, cont))
sim[lower.tri(sim)] <- x
sim[lower.tri(sim)] <- s
sim
# j <- scan()
......@@ -105,7 +107,7 @@ jum[lower.tri(jum)] <- j
jum
# Correlação entre as distância (fere a suposição de independência).
cor(s, j)
k <- cor(s, j)
# Empilha os valores de similaridade.
simd <- do.call(expand.grid, dimnames(sim))
......@@ -113,24 +115,46 @@ simd$s <- c(sim)
# simd <- na.omit(simd)
simd
# Troca os nomes de linhas e colunas.
i <- sample(cont)
colnames(jum) <- i
rownames(jum) <- i
K <- replicate(499, {
# Troca os nomes de linhas e colunas.
i <- sample(cont)
colnames(jum) <- i
rownames(jum) <- i
# Empilha os valores de pulos.
jumi <- do.call(expand.grid, dimnames(jum))
jumi$j <- c(jum)
# jumi <- na.omit(jumi)
# jumi
# Junta as duas tabelas.
da <- na.omit(merge(jumi, simd))
cor(da$j, da$s)
})
head(K)
tail(K)
K <- c(k, K)
# Empilha os valores de pulos.
jumi <- do.call(expand.grid, dimnames(jum))
jumi$j <- c(jum)
# jumi <- na.omit(jumi)
jumi
hist(K)
abline(v = k, col = 2)
# Junta as duas tabelas.
da <- na.omit(merge(jumi, simd))
cor(da$j, da$s)
plot(density(K))
# Mantel Matrix Randomization Test.
RSiteSearch("mantel randomization")
jumd <- as.dist(jum)
simd <- as.dist(sim)
class(jumd)
jumd
library(ade4)
mr <- mantel.randtest(jumd, simd, nrepet = 999)
mr
plot(mr)
#-----------------------------------------------------------------------
# Índice de Moran para medir dependência espacial.
......
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