Adiciona exemplo de distância de matrizes.

parent a471cdf7
......@@ -82,6 +82,55 @@ r <- apply(Y, MARGIN = 1, FUN = cor, y = x)
# P-valor do teste.
sum(r >= r0)/length(r)
#-----------------------------------------------------------------------
# s <- scan()
# dput(s)
cont <- c("EA", "Afr", "Mada", "Ori", "Aus", "NZ", "SouAfr", "NorAm")
s <- c(30, 14, 23, 30, -4, 2, -9, 50, 50, 40, 4, 9, -6, 54, 50, 11, 14,
5, 61, 3, -16, -16, 15, 11, 3, 14, -6, 36)/100
sim <- matrix(NA,
ncol = length(cont),
nrow = length(cont),
dimnames = list(cont, cont))
sim[lower.tri(sim)] <- x
sim
# j <- scan()
# dput(j)
j <- c(1, 2, 1, 2, 3, 2, 1, 1, 2, 3, 4, 3, 2, 3, 4, 5, 4, 3, 1, 2, 3, 2,
1, 4, 3, 5, 4, 1)
jum <- sim
jum[lower.tri(jum)] <- j
jum
# Correlação entre as distância (fere a suposição de independência).
cor(s, j)
# Empilha os valores de similaridade.
simd <- do.call(expand.grid, dimnames(sim))
simd$s <- c(sim)
# simd <- na.omit(simd)
simd
# Troca os nomes de linhas e colunas.
i <- sample(cont)
colnames(jum) <- i
rownames(jum) <- i
# Empilha os valores de pulos.
jumi <- do.call(expand.grid, dimnames(jum))
jumi$j <- c(jum)
# jumi <- na.omit(jumi)
jumi
# Junta as duas tabelas.
da <- na.omit(merge(jumi, simd))
cor(da$j, da$s)
# Mantel Matrix Randomization Test.
RSiteSearch("mantel randomization")
#-----------------------------------------------------------------------
# Índice de Moran para medir dependência espacial.
......
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