Adiciona dados e análise das flores de dende.

R/elaeis_flowers.R

+#' @name elaeis_flowers
+#' @title N\enc{ú}{u}mero de Flores de Cultivares de Dendezeiro ao
+#'     Longo do Ano
+#' @description Quatro cultivares de dendezeiro (\emph{Elaeis
+#'     guineensis}) foram estudas em experimento em delineamento de
+#'     blocos casualizados. Foi observado o número de flores fêmea e
+#'     macho em avaliações mensais por um ano em três plantas em cada
+#'     parcela.
+#' @format Um \code{data.frame} com 611 observações e 8 variáveis, em
+#'      que
+#'
+#' \describe{
+#'
+#' \item{\code{cult}}{Fator categórico que representa as cultivares de
+#'     dendezeiro (\emph{Elaeis guineensis}).}
+#'
+#' \item{\code{bloc}}{Fator categórico que representa os blocos do
+#'     delineamento experimental.}
+#'
+#' \item{\code{plant}}{Número inteiro que distingue entre as plantas da
+#'     mesma parcela.}
+#'
+#' \item{\code{days}}{Dias a partir de 10/01/2013, em que são feitas as
+#'     avaliações nas plantas. As avaliação são em média a cada 30 dias
+#'     e encerraram-se em 02/01/2014.}
+#'
+#' \item{\code{tot}}{Número total de flores vistas na planta,
+#'     independente do sexo da flor.}
+#'
+#' \item{\code{female}}{Número de flores fêmea encontradas na
+#'     planta. Valores \code{NA} representar que não foi possível
+#'     distinguir o sexo das flores.}
+#'
+#' \item{\code{male}}{Número de flores macho encontradas na
+#'     planta. Valores \code{NA} representar que não foi possível
+#'     distinguir o sexo das flores.}
+#'
+#' \item{\code{abort}}{Número de flores abortadas vistas na
+#'     planta. Valores \code{NA} indicam que essa variável não estava
+#'     sendo observada.}
+#'
+#' }
+#' @source Gustavo Azevedo Campos (\email{gustavo.campos@@embrapa.br}).
+#' @examples
+#'
+#' data(elaeis_flowers)
+#' str(elaeis_flowers)
+#'
+#' elaeis_flowers$ue <- with(elaeis_flowers,
+#'                           interaction(cult, bloc, plant,
+#'                                       drop = TRUE))
+#' levels(elaeis_flowers$ue) <- 1:nlevels(elaeis_flowers$ue)
+#' xtabs(~ue, data = elaeis_flowers)
+#'
+#' library(lattice)
+#'
+#' xyplot(I(male + female) ~ days | cult,
+#'        groups = bloc,
+#'        data = elaeis_flowers,
+#'        type = c("p", "a"))
+#'
+#' xyplot(male + female ~ days | ue,
+#'        data = elaeis_flowers,
+#'        type = "o",
+#'        as.table = TRUE)
+#'
+NULL

man/elaeis_flowers.Rd

+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
+% Please edit documentation in R/elaeis_flowers.R
+\name{elaeis_flowers}
+\alias{elaeis_flowers}
+\title{N\enc{ú}{u}mero de Flores de Cultivares de Dendezeiro ao
+    Longo do Ano}
+\format{Um \code{data.frame} com 611 observações e 8 variáveis, em
+     que
+
+\describe{
+
+\item{\code{cult}}{Fator categórico que representa as cultivares de
+    dendezeiro (\emph{Elaeis guineensis}).}
+
+\item{\code{bloc}}{Fator categórico que representa os blocos do
+    delineamento experimental.}
+
+\item{\code{plant}}{Número inteiro que distingue entre as plantas da
+    mesma parcela.}
+
+\item{\code{days}}{Dias a partir de 10/01/2013, em que são feitas as
+    avaliações nas plantas. As avaliação são em média a cada 30 dias
+    e encerraram-se em 02/01/2014.}
+
+\item{\code{tot}}{Número total de flores vistas na planta,
+    independente do sexo da flor.}
+
+\item{\code{female}}{Número de flores fêmea encontradas na
+    planta. Valores \code{NA} representar que não foi possível
+    distinguir o sexo das flores.}
+
+\item{\code{male}}{Número de flores macho encontradas na
+    planta. Valores \code{NA} representar que não foi possível
+    distinguir o sexo das flores.}
+
+\item{\code{abort}}{Número de flores abortadas vistas na
+    planta. Valores \code{NA} indicam que essa variável não estava
+    sendo observada.}
+
+}}
+\source{
+Gustavo Azevedo Campos (\email{gustavo.campos@embrapa.br}).
+}
+\description{
+Quatro cultivares de dendezeiro (\emph{Elaeis
+    guineensis}) foram estudas em experimento em delineamento de
+    blocos casualizados. Foi observado o número de flores fêmea e
+    macho em avaliações mensais por um ano em três plantas em cada
+    parcela.
+}
+\examples{
+
+data(elaeis_flowers)
+str(elaeis_flowers)
+
+elaeis_flowers$ue <- with(elaeis_flowers,
+                          interaction(cult, bloc, plant,
+                                      drop = TRUE))
+levels(elaeis_flowers$ue) <- 1:nlevels(elaeis_flowers$ue)
+xtabs(~ue, data = elaeis_flowers)
+
+library(lattice)
+
+xyplot(I(male + female) ~ days | cult,
+       groups = bloc,
+       data = elaeis_flowers,
+       type = c("p", "a"))
+
+xyplot(male + female ~ days | ue,
+       data = elaeis_flowers,
+       type = "o",
+       as.table = TRUE)
+
+}
+

vignettes/elaeis_flowers.Rmd

+---
+title: >
+  Número de Flores de Dendezeiro
+author: >
+  [Gustavo Azevedo Campos](http://lattes.cnpq.br/8389366082736320),
+  [Rosiana Rodrigues Alves](http://lattes.cnpq.br/3912077777598495),
+  [Walmes Zeviani](http://www.leg.ufpr.br/doku.php/pessoais:walmes)
+date: "`r Sys.Date()`"
+vignette: >
+  %\VignetteIndexEntry{Número de Flores de Dendezeiro}
+  %\VignetteEngine{knitr::rmarkdown}
+  %\VignetteEncoding{UTF-8}
+---
+
+## Definições da Sessão
+
+```{r, message=FALSE, results="hide"}
+#-----------------------------------------------------------------------
+# Carregando pacotes e funções necessárias.
+
+# https://github.com/walmes/wzRfun
+# devtools::install_github("walmes/wzRfun")
+library(wzRfun)
+library(lattice)
+library(latticeExtra)
+library(doBy)
+library(multcomp)
+```
+```{r, eval=FALSE}
+library(wzCoop)
+```
+```{r setup, include=FALSE}
+source("config/setup.R")
+```
+
+****
+## Análise Exploratória
+
+```{r}
+#-----------------------------------------------------------------------
+# Estrutura dos dados.
+
+data(elaeis_flowers)
+
+# Nome curto para agilizar a digitação.
+ela <- elaeis_flowers
+str(ela)
+
+ela$ue <- with(ela,
+               interaction(cult, bloc, plant,
+                           drop = TRUE))
+levels(ela$ue) <- 1:nlevels(ela$ue)
+
+L <- list(columns = 4, title = "Blocos", cex.title = 1.1)
+
+xyplot(tot ~ days | cult,
+       groups = bloc,
+       data = ela,
+       type = c("p", "a"),
+       auto.key = L,
+       ylab = "Total de flores",
+       xlab = "Dias")
+
+xyplot(male + female ~ days | ue,
+       data = ela,
+       type = "o",
+       auto.key = TRUE,
+       as.table = TRUE,
+       strip = FALSE,
+       ylab = "Total de flores",
+       xlab = "Dias")
+
+xyplot(abort ~ days | cult,
+       groups = bloc,
+       data = ela,
+       type = c("p", "a"),
+       auto.key = L,
+       ylab = "Total de flores",
+       xlab = "Dias")
+
+xyplot(female/tot ~ days | cult,
+       groups = bloc,
+       data = ela,
+       type = c("p", "a"),
+       auto.key = L,
+       ylab = "Total de flores",
+       xlab = "Dias")
+
+#-----------------------------------------------------------------------
+# Soma nas parcelas.
+
+ela2 <- aggregate(cbind(male = male, female = female,
+                        tot = tot, abort = abort) ~ bloc + cult + days,
+                  data = ela,
+                  FUN = sum, na.rm = TRUE)
+```
+
+## Número Total de Flores
+
+```{r}
+#-----------------------------------------------------------------------
+# Ajuste do modelo GLM Poisson.
+
+m0 <- glm(tot ~ bloc + cult * poly(days, deggre = 1),
+          data = ela2,
+          family = poisson)
+
+# Resíduos.
+par(mfrow = c(2, 2))
+plot(m0)
+layout(1)
+
+# Estimativas dos efeitos e medidas de ajuste.
+summary(m0)
+
+# Quadro de Deviance.
+anova(m0, test = "Chisq")
+
+# Predição.
+pred <- with(ela,
+             expand.grid(bloc = levels(bloc)[1],
+                         cult = levels(cult),
+                         days = seq(min(days), max(days), by = 2)))
+pred$y <- predict(m0, newdata = pred, type = "response")
+
+xyplot(tot ~ days | cult,
+       data = ela2,
+       ylab = "Total de flores",
+       xlab = "Dias") +
+    as.layer(xyplot(y ~ days | cult, data = pred, type = "l"))
+```
+
+****
+## Proporção de Flores Fêmeas
+
+```{r}
+#-----------------------------------------------------------------------
+# Ajuste do modelo GLM Binomial.
+
+m0 <- glm(cbind(female, tot - female) ~
+              bloc + cult * poly(days, deggre = 2),
+          data = ela2,
+          family = quasibinomial)
+
+# Resíduos.
+par(mfrow = c(2, 2))
+plot(m0)
+layout(1)
+
+# Estimativas dos efeitos e medidas de ajuste.
+summary(m0)
+
+# Quadro de Deviance.
+anova(m0, test = "F")
+
+# Predição.
+pred <- with(ela,
+             expand.grid(bloc = levels(bloc)[1],
+                         cult = levels(cult),
+                         days = seq(min(days), max(days), by = 2)))
+pred$y <- predict(m0, newdata = pred, type = "response")
+
+xyplot(female/tot ~ days | cult,
+       data = ela2,
+       ylab = "Proporção de flores fêmeas",
+       xlab = "Dias") +
+    as.layer(xyplot(y ~ days | cult, data = pred, type = "l"))
+```
+
+```{r}
+library(mgcv)
+
+m0 <- gam(cbind(female, tot - female) ~ bloc + s(days, by = cult),
+          data = ela2,
+          family = quasibinomial)
+
+# plot(m0, pages = 1, residuals = TRUE)
+plot(m0, pages = 1, seWithMean = TRUE)
+
+summary(m0)
+anova(m0)
+
+# # Resíduos.
+# par(mfrow = c(2, 2))
+# qqnorm(residuals(m0, type = "pearson"))
+# layout(1)
+
+pred <- with(ela,
+             expand.grid(bloc = levels(bloc)[1],
+                         cult = levels(cult),
+                         days = seq(min(days), max(days), by = 2)))
+pred$y <- predict(m0, newdata = pred, type = "response")
+
+xyplot(female/tot ~ days | cult,
+       data = ela2,
+       ylab = "Proporção de flores fêmeas",
+       xlab = "Dias") +
+    as.layer(xyplot(y ~ days | cult, data = pred, type = "l"))
+```
+
+****
+## Session information
+
+```{r, echo=FALSE, results="hold"}
+cat(format(Sys.time(), format = "%A, %d de %B de %Y, %H:%M"),
+    "----------------------------------------", sep = "\n")
+sessionInfo()
+```