Troca ocorrências antigas por leaf_spot e rust_peach.

R/leaf_spot.R

-#' @name mancha
+#' @name leaf_spot
 #' @title Progresso da Mancha Foliar de \emph{Glomerella} em Macieira
 #'     no Estado do Paran\enc{á}{a}
 #' @description Avaliação da severidade (\% de área com lesão no limbo
@@ -17,17 +17,19 @@
 #'
 #' \item{\code{dia}}{Dia de avaliação. Foi do dia 0 ao dia 82, com
 #'     intervalos próximos de 7 dias, mudando de acordo com a ocorrência
-#'     de finais de semana e feriados. Os pomares foram avaliados das
-#'     mesmas datas.}
+#'     de finais de semana e feriados. Os pomares foram avaliados nas
+#'     mesmas datas pois eram na mesma propriedade afastados por 300
+#'     metros.}
 #'
 #' \item{\code{ramo}}{Variável que indentifica os 30 ramos contendo 10
 #'     folhas cada um, marcados aleatóriamente em 30 árvores diferentes
-#'     (um ramo por árvore) no mesmo pomar. A indentificação é unica por
-#'     pomar.}
+#'     (um ramo por árvore) no mesmo pomar. A indentificação dos ramos é
+#'     unica por pomar.}
 #'
 #' \item{\code{folha}}{Variável que indentifica as 10 folhas marcadas em
 #'     cada ramo, totalizando 300 folhas avaliadas no total de 30 ramos
-#'     por pomar. A indentificação é única por pomar.}
+#'     por pomar. A indentificação das folhas é única por pomar. A
+#'     primeira folha em cada ramo é a folha mais próxima do caule.}
 #'
 #' \item{\code{sever}}{Severidade medida ao longo do tempo em cada uma
 #'     das folhas, em porcentagem de área com lesão de acordo com a
@@ -38,25 +40,27 @@
 #'
 #' }
 #'
-#' @source Moreira, R. R. (http://lattes.cnpq.br/8144030677308566), May
-#'     De Mio, L. L. (http://lattes.cnpq.br/5306520242222948).
-#'     Universidade Federal do Paraná, SCA, Laboratório de Epidemiologia
-#'     para Manejo Integrado de Doenças em plantas (LEMID).
+#' @source Moreira,
+#'     R. R. (\url{http://lattes.cnpq.br/8144030677308566}), May De Mio,
+#'     L. L. (\url{http://lattes.cnpq.br/5306520242222948}).
+#'     Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Agrárias,
+#'     Laboratório de Epidemiologia para Manejo Integrado de Doenças em
+#'     Plantas (LEMID).
 #'
 #' @examples
 #'
-#' data(mancha)
-#' str(mancha)
+#' data(leaf_spot)
+#' str(leaf_spot)
 #'
-#' ftable(xtabs(~pomar + dia, data = mancha))
-#' ftable(xtabs(~pomar + ramo + dia, data = mancha))
+#' ftable(xtabs(~pomar + dia, data = leaf_spot))
+#' ftable(xtabs(~pomar + ramo + dia, data = leaf_spot))
 #'
 #' library(lattice)
 #'
 #' # Gráfico de perfil das folhas para 5 ramos em cada pomar.
 #' xyplot(sever ~ dia | ramo + pomar,
 #'        groups = folha,
-#'        data = subset(mancha, ramo <= 5),
+#'        data = subset(leaf_spot, ramo <= 5),
 #'        type = "o")
 #'
 NULL

R/rust_peach.R

-#' @name ferrugem
+#' @name rust_peach
 #' @title Progresso da Ferrugem em Folhas de Pessegueiro
 #' @description Avaliação semanal da severidade (\% de lesão no limbo
 #'     foliar por meio de escala) da ferrugem (\emph{Tranzschelia
 #'     discolor}) em folhas de pessegueiro (\emph{Prunus persica}).
-#'     Foram marcados 2 ramos por árvore (um de cada lado da planta)
+#'     Foram marcados 2 ramos por árvore (em lados opostos na planta)
 #'     contendo 10 folhas marcadas em cada um.  Foram testadas também 7
-#'     doses de nitrogênio em combinação com tratamentos de poda. O
+#'     doses de nitrogênio em combinação com tratamentos de poda.  O
 #'     delineamento foi de blocos casualizados e o ensaio foi repetido
-#'     em 3 safras no mesmo pomar.
+#'     em 3 safras no mesmo pomar. As plantas foram as mesmas nas 3
+#'     safras, no entanto, os ramos foram diferentes.
 #' @format Um \code{data.frame} com 30240 linhas e 8 colunas, em que
 #'
 #' \describe{
@@ -18,8 +19,8 @@
 #' \item{\code{dia}}{Dia de avaliação. Foi do dia 0 ao dia 84, com
 #'     intervalos de 7 dias, perfazento um total de 12 níveis.}
 #'
-#' \item{\code{folha}}{Folhas marcadas em 2 ramos por árvore (um de cada
-#'     lado). As foram eram observadas a cada 7 dias, portanto, os
+#' \item{\code{folha}}{Folhas marcadas em 2 ramos por árvore (em lados
+#'     opostos). As foram eram observadas a cada 7 dias, portanto, os
 #'     registros em uma folha são no máximo 12 de forma longitudinal. A
 #'     indentificação das folhas é única.}
 #'
@@ -44,21 +45,22 @@
 #'
 #' }
 #'
-#' @source Moreira, R. R. (http://lattes.cnpq.br/8144030677308566), May
-#'     De Mio, L. L. (http://lattes.cnpq.br/5306520242222948).
+#' @source Dolinski,
+#'     M. A. (\url{http://lattes.cnpq.br/5554247933578584}), May De Mio,
+#'     L. L. (\url{http://lattes.cnpq.br/5306520242222948}).
 #'     Universidade Federal do Paraná, SCA, Laboratório de Epidemiologia
 #'     para Manejo Integrado de Doenças em plantas (LEMID).
 #'
 #' @examples
 #'
-#' data(ferrugem)
-#' str(ferrugem)
+#' data(rust_peach)
+#' str(rust_peach)
 #'
 #' # Combinações entre poda x nitrogênio em cada safra.
-#' ftable(xtabs(~safra + poda + nitro, data = ferrugem))
+#' ftable(xtabs(~safra + poda + nitro, data = rust_peach))
 #'
 #' # Combinações entre bloco x dia em cada safra.
-#' ftable(xtabs(~safra + bloco + dia, data = ferrugem))
+#' ftable(xtabs(~safra + bloco + dia, data = rust_peach))
 #'
 #' library(lattice)
 #' library(latticeExtra)
@@ -67,25 +69,25 @@
 #' useOuterStrips(
 #'     xyplot(sever ~ dia | nitro + bloco,
 #'            groups = poda,
-#'            data = subset(ferrugem, safra == "1"),
+#'            data = subset(rust_peach, safra == "1"),
 #'            type = c("p", "smooth"),
 #'            xlab = "Dia de avaliação",
 #'            ylab = "Severidade (%)"))
 #'
 #' xyplot(sever ~ dia | folha, type = "l",
-#'        data = subset(ferrugem, safra == "1" &
-#'                                bloco == "I" &
-#'                                nitro == 0 &
-#'                                poda == 1 &
-#'                                lado == 1),
+#'        data = subset(rust_peach, safra == "1" &
+#'                                  bloco == "I" &
+#'                                  nitro == 0 &
+#'                                  poda == 1 &
+#'                                  lado == 1),
 #'        xlab = "Dia de avaliação",
 #'        ylab = "Severidade (%)")
 #'
 #' # As 10 folhas de um ramo.
-#' subset(ferrugem, safra == "1" &
-#'                  bloco == "I" &
-#'                  nitro == 0 &
-#'                  poda == 1 &
-#'                  lado == 1)
+#' subset(rust_peach, safra == "1" &
+#'                    bloco == "I" &
+#'                    nitro == 0 &
+#'                    poda == 1 &
+#'                    lado == 1)
 #'
 NULL

man/leaf_spot.Rd

 % Generated by roxygen2: do not edit by hand
-% Please edit documentation in R/mancha.R
-\name{mancha}
-\alias{mancha}
+% Please edit documentation in R/leaf_spot.R
+\name{leaf_spot}
+\alias{leaf_spot}
 \title{Progresso da Mancha Foliar de \emph{Glomerella} em Macieira
     no Estado do Paran\enc{á}{a}}
 \format{Um \code{data.frame} com 6600 linhas e 5 colunas, em que
@@ -12,17 +12,19 @@
 
 \item{\code{dia}}{Dia de avaliação. Foi do dia 0 ao dia 82, com
     intervalos próximos de 7 dias, mudando de acordo com a ocorrência
-    de finais de semana e feriados. Os pomares foram avaliados das
-    mesmas datas.}
+    de finais de semana e feriados. Os pomares foram avaliados nas
+    mesmas datas pois eram na mesma propriedade afastados por 300
+    metros.}
 
 \item{\code{ramo}}{Variável que indentifica os 30 ramos contendo 10
     folhas cada um, marcados aleatóriamente em 30 árvores diferentes
-    (um ramo por árvore) no mesmo pomar. A indentificação é unica por
-    pomar.}
+    (um ramo por árvore) no mesmo pomar. A indentificação dos ramos é
+    unica por pomar.}
 
 \item{\code{folha}}{Variável que indentifica as 10 folhas marcadas em
     cada ramo, totalizando 300 folhas avaliadas no total de 30 ramos
-    por pomar. A indentificação é única por pomar.}
+    por pomar. A indentificação das folhas é única por pomar. A
+    primeira folha em cada ramo é a folha mais próxima do caule.}
 
 \item{\code{sever}}{Severidade medida ao longo do tempo em cada uma
     das folhas, em porcentagem de área com lesão de acordo com a
@@ -33,10 +35,12 @@
 
 }}
 \source{
-Moreira, R. R. (http://lattes.cnpq.br/8144030677308566), May
-    De Mio, L. L. (http://lattes.cnpq.br/5306520242222948).
-    Universidade Federal do Paraná, SCA, Laboratório de Epidemiologia
-    para Manejo Integrado de Doenças em plantas (LEMID).
+Moreira,
+    R. R. (\url{http://lattes.cnpq.br/8144030677308566}), May De Mio,
+    L. L. (\url{http://lattes.cnpq.br/5306520242222948}).
+    Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Agrárias,
+    Laboratório de Epidemiologia para Manejo Integrado de Doenças em
+    Plantas (LEMID).
 }
 \description{
 Avaliação da severidade (\% de área com lesão no limbo
@@ -50,18 +54,18 @@ Avaliação da severidade (\% de área com lesão no limbo
 }
 \examples{
 
-data(mancha)
-str(mancha)
+data(leaf_spot)
+str(leaf_spot)
 
-ftable(xtabs(~pomar + dia, data = mancha))
-ftable(xtabs(~pomar + ramo + dia, data = mancha))
+ftable(xtabs(~pomar + dia, data = leaf_spot))
+ftable(xtabs(~pomar + ramo + dia, data = leaf_spot))
 
 library(lattice)
 
 # Gráfico de perfil das folhas para 5 ramos em cada pomar.
 xyplot(sever ~ dia | ramo + pomar,
        groups = folha,
-       data = subset(mancha, ramo <= 5),
+       data = subset(leaf_spot, ramo <= 5),
        type = "o")
 
 }

man/rust_peach.Rd

 % Generated by roxygen2: do not edit by hand
-% Please edit documentation in R/ferrugem.R
-\name{ferrugem}
-\alias{ferrugem}
+% Please edit documentation in R/rust_peach.R
+\name{rust_peach}
+\alias{rust_peach}
 \title{Progresso da Ferrugem em Folhas de Pessegueiro}
 \format{Um \code{data.frame} com 30240 linhas e 8 colunas, em que
 
@@ -13,8 +13,8 @@
 \item{\code{dia}}{Dia de avaliação. Foi do dia 0 ao dia 84, com
     intervalos de 7 dias, perfazento um total de 12 níveis.}
 
-\item{\code{folha}}{Folhas marcadas em 2 ramos por árvore (um de cada
-    lado). As foram eram observadas a cada 7 dias, portanto, os
+\item{\code{folha}}{Folhas marcadas em 2 ramos por árvore (em lados
+    opostos). As foram eram observadas a cada 7 dias, portanto, os
     registros em uma folha são no máximo 12 de forma longitudinal. A
     indentificação das folhas é única.}
 
@@ -39,8 +39,9 @@
 
 }}
 \source{
-Moreira, R. R. (http://lattes.cnpq.br/8144030677308566), May
-    De Mio, L. L. (http://lattes.cnpq.br/5306520242222948).
+Dolinski,
+    M. A. (\url{http://lattes.cnpq.br/5554247933578584}), May De Mio,
+    L. L. (\url{http://lattes.cnpq.br/5306520242222948}).
     Universidade Federal do Paraná, SCA, Laboratório de Epidemiologia
     para Manejo Integrado de Doenças em plantas (LEMID).
 }
@@ -48,22 +49,23 @@ Moreira, R. R. (http://lattes.cnpq.br/8144030677308566), May
 Avaliação semanal da severidade (\% de lesão no limbo
     foliar por meio de escala) da ferrugem (\emph{Tranzschelia
     discolor}) em folhas de pessegueiro (\emph{Prunus persica}).
-    Foram marcados 2 ramos por árvore (um de cada lado da planta)
+    Foram marcados 2 ramos por árvore (em lados opostos na planta)
     contendo 10 folhas marcadas em cada um.  Foram testadas também 7
-    doses de nitrogênio em combinação com tratamentos de poda. O
+    doses de nitrogênio em combinação com tratamentos de poda.  O
     delineamento foi de blocos casualizados e o ensaio foi repetido
-    em 3 safras no mesmo pomar.
+    em 3 safras no mesmo pomar. As plantas foram as mesmas nas 3
+    safras, no entanto, os ramos foram diferentes.
 }
 \examples{
 
-data(ferrugem)
-str(ferrugem)
+data(rust_peach)
+str(rust_peach)
 
 # Combinações entre poda x nitrogênio em cada safra.
-ftable(xtabs(~safra + poda + nitro, data = ferrugem))
+ftable(xtabs(~safra + poda + nitro, data = rust_peach))
 
 # Combinações entre bloco x dia em cada safra.
-ftable(xtabs(~safra + bloco + dia, data = ferrugem))
+ftable(xtabs(~safra + bloco + dia, data = rust_peach))
 
 library(lattice)
 library(latticeExtra)
@@ -72,26 +74,26 @@ library(latticeExtra)
 useOuterStrips(
     xyplot(sever ~ dia | nitro + bloco,
            groups = poda,
-           data = subset(ferrugem, safra == "1"),
+           data = subset(rust_peach, safra == "1"),
            type = c("p", "smooth"),
            xlab = "Dia de avaliação",
            ylab = "Severidade (\%)"))
 
 xyplot(sever ~ dia | folha, type = "l",
-       data = subset(ferrugem, safra == "1" &
-                               bloco == "I" &
-                               nitro == 0 &
-                               poda == 1 &
-                               lado == 1),
+       data = subset(rust_peach, safra == "1" &
+                                 bloco == "I" &
+                                 nitro == 0 &
+                                 poda == 1 &
+                                 lado == 1),
        xlab = "Dia de avaliação",
        ylab = "Severidade (\%)")
 
 # As 10 folhas de um ramo.
-subset(ferrugem, safra == "1" &
-                 bloco == "I" &
-                 nitro == 0 &
-                 poda == 1 &
-                 lado == 1)
+subset(rust_peach, safra == "1" &
+                   bloco == "I" &
+                   nitro == 0 &
+                   poda == 1 &
+                   lado == 1)
 
 }
 

vignettes/leaf_spot.Rmd

@@ -55,19 +55,19 @@ fator que provoca a queda.
 
 ```{r}
 # Estrutura dos dados.
-str(mancha)
+str(leaf_spot)
 
 # Tabela de frequencia.
-ftable(xtabs(~pomar + dia, data = mancha))
+ftable(xtabs(~pomar + dia, data = leaf_spot))
 
 # Tabela de frequência de folhas presas ao ramo (sem folhas perdidas).
-ftable(xtabs(~pomar + dia, data = na.omit(mancha)))
+ftable(xtabs(~pomar + dia, data = na.omit(leaf_spot)))
 
 # Acesse a documentação para mais detalhes.
-# help(mancha, help_type = "html")
+# help(leaf_spot, help_type = "html")
 
 # Convertendo variáveis para fator.
-mancha <- within(mancha, {
+leaf_spot <- within(leaf_spot, {
     pomar <- factor(pomar, labels = c("I", "II"))
     ramo <- factor(ramo)
     folha <- interaction(ramo, folha, drop = TRUE)
@@ -75,7 +75,7 @@ mancha <- within(mancha, {
 
 xyplot(sever ~ dia | ramo,
        groups = folha,
-       data = subset(mancha, pomar == "I"),
+       data = subset(leaf_spot, pomar == "I"),
        type = "o",
        xlab = "Dia de avaliação",
        ylab = "Severidade da mancha foliar (%)",
@@ -84,7 +84,7 @@ xyplot(sever ~ dia | ramo,
 
 xyplot(sever ~ dia | ramo,
        groups = folha,
-       data = subset(mancha, pomar == "II"),
+       data = subset(leaf_spot, pomar == "II"),
        type = "o",
        xlab = "Dia de avaliação",
        ylab = "Severidade da mancha foliar (%)",
@@ -105,7 +105,7 @@ planta, as condições de solo, a exposição do ramo ao sol, etc.
 ## Ajuste de Modelo de Regressão Não Linear
 
 ```{r}
-da <- subset(mancha, pomar == "I")
+da <- subset(leaf_spot, pomar == "I")
 
 # Calibrando o chute inicial.
 start <- list(A = 80, xc = 80, sc = 20)