Adiciona 2 conjuntos de dados da Rafaele.

R/ferrugem.R

+#' @name ferrugem
+#' @title Progresso da Ferrugem em Folhas de Pessegueiro
+#' @description Avaliação semanal da severidade (\% de lesão no limbo
+#'     foliar por meio de escala) da ferrugem (\emph{Tranzschelia
+#'     discolor}) em folhas de pessegueiro (\emph{Prunus persica}).
+#'     Foram marcados 2 ramos por árvore (um de cada lado da planta)
+#'     contendo 10 folhas marcadas em cada um.  Foram testadas também 7
+#'     doses de nitrogênio em combinação com tratamentos de poda. O
+#'     delineamento foi de blocos casualizados e o ensaio foi repetido
+#'     em 3 safras no mesmo pomar.
+#' @format Um \code{data.frame} com 30240 linhas e 8 colunas, em que
+#'
+#' \describe{
+#'
+#' \item{\code{safra}}{Fator categórico que representa cada uma das 3
+#'     safras nas quais o experimento foi conduzido.}
+#'
+#' \item{\code{dia}}{Dia de avaliação. Foi do dia 0 ao dia 84, com
+#'     intervalos de 7 dias, perfazento um total de 12 níveis.}
+#'
+#' \item{\code{folha}}{Folhas marcadas em 2 ramos por árvore (um de cada
+#'     lado). As foram eram observadas a cada 7 dias, portanto, os
+#'     registros em uma folha são no máximo 12 de forma longitudinal. A
+#'     indentificação das folhas é única.}
+#'
+#' \item{\code{nitro}}{Nitrogênio aplicado em 7 doses (0, 40, 80,
+#'     120, 160, 200, 240 kg ha\eqn{^{-1}}.}
+#'
+#' \item{\code{lado}}{Fator que representa o lado da planta no qual
+#'     estava o ramo, sendo que 1 = sul e 2 = norte.}
+#'
+#' \item{\code{poda}}{Números de poda aplicado nas plantas, sedo que 1 =
+#'     1 poda e 2 = 4 podas.}
+#'
+#' \item{\code{bloco}}{Fator categórico que representa os blocos do
+#'     experimento.}
+#'
+#' \item{\code{sever}}{Severidade medida ao longo do tempo em cada
+#'     uma das folhas, em porcentagem de área com lesão de acordo com a
+#'     escala diagramática adotada. Depois que a folha cai do ramo, não
+#'     há como determinar a severidade, então os valores perdidos para
+#'     as datas porteriores a queda da folha são representados com
+#'     \code{NA}.}
+#'
+#' }
+#'
+#' @source Moreira, R. R. (http://lattes.cnpq.br/8144030677308566), May
+#'     De Mio, L. L. (http://lattes.cnpq.br/5306520242222948).
+#'     Universidade Federal do Paraná, SCA, Laboratório de Epidemiologia
+#'     para Manejo Integrado de Doenças em plantas (LEMID).
+#'
+#' @examples
+#'
+#' data(ferrugem)
+#' str(ferrugem)
+#'
+#' # Combinações entre poda x nitrogênio em cada safra.
+#' ftable(xtabs(~safra + poda + nitro, data = ferrugem))
+#'
+#' # Combinações entre bloco x dia em cada safra.
+#' ftable(xtabs(~safra + bloco + dia, data = ferrugem))
+#'
+#' library(lattice)
+#' library(latticeExtra)
+#'
+#' # Ver resultados da safra 1.
+#' useOuterStrips(
+#'     xyplot(sever ~ dia | nitro + bloco,
+#'            groups = poda,
+#'            data = subset(ferrugem, safra == "1"),
+#'            type = c("p", "smooth"),
+#'            xlab = "Dia de avaliação",
+#'            ylab = "Severidade (%)"))
+#'
+#' xyplot(sever ~ dia | folha, type = "l",
+#'        data = subset(ferrugem, safra == "1" &
+#'                                bloco == "I" &
+#'                                nitro == 0 &
+#'                                poda == 1 &
+#'                                lado == 1),
+#'        xlab = "Dia de avaliação",
+#'        ylab = "Severidade (%)")
+#'
+#' # As 10 folhas de um ramo.
+#' subset(ferrugem, safra == "1" &
+#'                  bloco == "I" &
+#'                  nitro == 0 &
+#'                  poda == 1 &
+#'                  lado == 1)
+#'
+NULL

R/mancha.R

+#' @name mancha
+#' @title Progresso da Mancha Foliar de \emph{Glomerella} em Macieira no
+#'     Estado do Paraná
+#' @description Avaliação da severidade (\% de área com lesão no limbo
+#'     foliar) da mancha foliar de \emph{Glomerella} em duas áreas de
+#'     pomar comercial.  Para cada área foram escolhidas 30 plantas ao
+#'     acaso e em cada planta foi marcado, no terço médio, um segmento
+#'     de ramo contendo 10 folhas. A avaliação da doença foi semanal e
+#'     realizada com auxílio de escala diagramática. A severidade foi
+#'     medida nas 10 folhas de cada ramo, totalizando 300 folhas por
+#'     área experimental.
+#' @format Um \code{data.frame} com 6600 linhas e 5 colunas, em que
+#'
+#' \describe{
+#'
+#' \item{\code{pomar}}{Variável numérica que indica o pomar.}
+#'
+#' \item{\code{dia}}{Dia de avaliação. Foi do dia 0 ao dia 82, com
+#'     intervalos próximos de 7 dias, mudando de acordo com a ocorrência
+#'     de finais de semana e feriados. Os pomares foram avaliados das
+#'     mesmas datas.}
+#'
+#' \item{\code{ramo}}{Variável que indentifica os 30 ramos contendo 10
+#'     folhas cada um, marcados aleatóriamente em 30 árvores diferentes
+#'     (um ramo por árvore) no mesmo pomar. A indentificação é unica por
+#'     pomar.}
+#'
+#' \item{\code{folha}}{Variável que indentifica as 10 folhas marcadas em
+#'     cada ramo, totalizando 300 folhas avaliadas no total de 30 ramos
+#'     por pomar. A indentificação é única por pomar.}
+#'
+#' \item{\code{sever}}{Severidade medida ao longo do tempo em cada uma
+#'     das folhas, em porcentagem de área com lesão de acordo com a
+#'     escala diagramática adotada. Depois que a folha cai do ramo, não
+#'     há como determinar a severidade, então os valores perdidos para
+#'     as datas porteriores a queda da folha são representados com
+#'     \code{NA}.}
+#'
+#' }
+#'
+#' @source Moreira, R. R. (http://lattes.cnpq.br/8144030677308566), May
+#'     De Mio, L. L. (http://lattes.cnpq.br/5306520242222948).
+#'     Universidade Federal do Paraná, SCA, Laboratório de Epidemiologia
+#'     para Manejo Integrado de Doenças em plantas (LEMID).
+#'
+#' @examples
+#'
+#' data(mancha)
+#' str(mancha)
+#'
+#' ftable(xtabs(~pomar + dia, data = mancha))
+#' ftable(xtabs(~pomar + ramo + dia, data = mancha))
+#'
+#' library(lattice)
+#'
+#' # Gráfico de perfil das folhas para 5 ramos em cada pomar.
+#' xyplot(sever ~ dia | ramo + pomar,
+#'        groups = folha,
+#'        data = subset(mancha, ramo <= 5),
+#'        type = "o")
+#'
+NULL

man/egg_parasitoid.Rd

@@ -26,12 +26,13 @@
     hospedeiro (\code{hosp}) tratado previamente com um inseticida
     (\code{inset}) e exposta a um parasitóide (\code{paras}).}
 
-\item{\code{mort}}{Variável binária que indica a sobrevivência (1) ou
-    não (2) da fêmea 24 horas após ser liberada na cartela.}
-
 \item{\code{otot}}{Número total de ovos para serem parasitados na
     cartela (unidade experimental) colocada dentro do tubo de
     ensaio.}
+
+\item{\code{mort}}{Variável binária que indica a sobrevivência (1) ou
+    não (2) da fêmea 24 horas após ser liberada na cartela.}
+
 \item{\code{incub}}{Tempo para incubação dos parasitóides. É o
     intervalo de tempo (em dias) entre o dia da liberação da fêmea
     junto a cartela com ovos (início do parasitismo) e a emergência

man/ferrugem.Rd

+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
+% Please edit documentation in R/ferrugem.R
+\name{ferrugem}
+\alias{ferrugem}
+\title{Progresso da Ferrugem em Folhas de Pessegueiro}
+\format{Um \code{data.frame} com 30240 linhas e 8 colunas, em que
+
+\describe{
+
+\item{\code{safra}}{Fator categórico que representa cada uma das 3
+    safras nas quais o experimento foi conduzido.}
+
+\item{\code{dia}}{Dia de avaliação. Foi do dia 0 ao dia 84, com
+    intervalos de 7 dias, perfazento um total de 12 níveis.}
+
+\item{\code{folha}}{Folhas marcadas em 2 ramos por árvore (um de cada
+    lado). As foram eram observadas a cada 7 dias, portanto, os
+    registros em uma folha são no máximo 12 de forma longitudinal. A
+    indentificação das folhas é única.}
+
+\item{\code{nitro}}{Nitrogênio aplicado em 7 doses (0, 40, 80,
+    120, 160, 200, 240 kg ha\eqn{^{-1}}.}
+
+\item{\code{lado}}{Fator que representa o lado da planta no qual
+    estava o ramo, sendo que 1 = sul e 2 = norte.}
+
+\item{\code{poda}}{Números de poda aplicado nas plantas, sedo que 1 =
+    1 poda e 2 = 4 podas.}
+
+\item{\code{bloco}}{Fator categórico que representa os blocos do
+    experimento.}
+
+\item{\code{sever}}{Severidade medida ao longo do tempo em cada
+    uma das folhas, em porcentagem de área com lesão de acordo com a
+    escala diagramática adotada. Depois que a folha cai do ramo, não
+    há como determinar a severidade, então os valores perdidos para
+    as datas porteriores a queda da folha são representados com
+    \code{NA}.}
+
+}}
+\source{
+Moreira, R. R. (http://lattes.cnpq.br/8144030677308566), May
+    De Mio, L. L. (http://lattes.cnpq.br/5306520242222948).
+    Universidade Federal do Paraná, SCA, Laboratório de Epidemiologia
+    para Manejo Integrado de Doenças em plantas (LEMID).
+}
+\description{
+Avaliação semanal da severidade (\% de lesão no limbo
+    foliar por meio de escala) da ferrugem (\emph{Tranzschelia
+    discolor}) em folhas de pessegueiro (\emph{Prunus persica}).
+    Foram marcados 2 ramos por árvore (um de cada lado da planta)
+    contendo 10 folhas marcadas em cada um.  Foram testadas também 7
+    doses de nitrogênio em combinação com tratamentos de poda. O
+    delineamento foi de blocos casualizados e o ensaio foi repetido
+    em 3 safras no mesmo pomar.
+}
+\examples{
+
+data(ferrugem)
+str(ferrugem)
+
+# Combinações entre poda x nitrogênio em cada safra.
+ftable(xtabs(~safra + poda + nitro, data = ferrugem))
+
+# Combinações entre bloco x dia em cada safra.
+ftable(xtabs(~safra + bloco + dia, data = ferrugem))
+
+library(lattice)
+library(latticeExtra)
+
+# Ver resultados da safra 1.
+useOuterStrips(
+    xyplot(sever ~ dia | nitro + bloco,
+           groups = poda,
+           data = subset(ferrugem, safra == "1"),
+           type = c("p", "smooth"),
+           xlab = "Dia de avaliação",
+           ylab = "Severidade (\%)"))
+
+xyplot(sever ~ dia | folha, type = "l",
+       data = subset(ferrugem, safra == "1" &
+                               bloco == "I" &
+                               nitro == 0 &
+                               poda == 1 &
+                               lado == 1),
+       xlab = "Dia de avaliação",
+       ylab = "Severidade (\%)")
+
+# As 10 folhas de um ramo.
+subset(ferrugem, safra == "1" &
+                 bloco == "I" &
+                 nitro == 0 &
+                 poda == 1 &
+                 lado == 1)
+
+}
+

man/mancha.Rd

+% Generated by roxygen2: do not edit by hand
+% Please edit documentation in R/mancha.R
+\name{mancha}
+\alias{mancha}
+\title{Progresso da Mancha Foliar de \emph{Glomerella} em Macieira no
+    Estado do Paraná}
+\format{Um \code{data.frame} com 6600 linhas e 5 colunas, em que
+
+\describe{
+
+\item{\code{pomar}}{Variável numérica que indica o pomar.}
+
+\item{\code{dia}}{Dia de avaliação. Foi do dia 0 ao dia 82, com
+    intervalos próximos de 7 dias, mudando de acordo com a ocorrência
+    de finais de semana e feriados. Os pomares foram avaliados das
+    mesmas datas.}
+
+\item{\code{ramo}}{Variável que indentifica os 30 ramos contendo 10
+    folhas cada um, marcados aleatóriamente em 30 árvores diferentes
+    (um ramo por árvore) no mesmo pomar. A indentificação é unica por
+    pomar.}
+
+\item{\code{folha}}{Variável que indentifica as 10 folhas marcadas em
+    cada ramo, totalizando 300 folhas avaliadas no total de 30 ramos
+    por pomar. A indentificação é única por pomar.}
+
+\item{\code{sever}}{Severidade medida ao longo do tempo em cada uma
+    das folhas, em porcentagem de área com lesão de acordo com a
+    escala diagramática adotada. Depois que a folha cai do ramo, não
+    há como determinar a severidade, então os valores perdidos para
+    as datas porteriores a queda da folha são representados com
+    \code{NA}.}
+
+}}
+\source{
+Moreira, R. R. (http://lattes.cnpq.br/8144030677308566), May
+    De Mio, L. L. (http://lattes.cnpq.br/5306520242222948).
+    Universidade Federal do Paraná, SCA, Laboratório de Epidemiologia
+    para Manejo Integrado de Doenças em plantas (LEMID).
+}
+\description{
+Avaliação da severidade (\% de área com lesão no limbo
+    foliar) da mancha foliar de \emph{Glomerella} em duas áreas de
+    pomar comercial.  Para cada área foram escolhidas 30 plantas ao
+    acaso e em cada planta foi marcado, no terço médio, um segmento
+    de ramo contendo 10 folhas. A avaliação da doença foi semanal e
+    realizada com auxílio de escala diagramática. A severidade foi
+    medida nas 10 folhas de cada ramo, totalizando 300 folhas por
+    área experimental.
+}
+\examples{
+
+data(mancha)
+str(mancha)
+
+ftable(xtabs(~pomar + dia, data = mancha))
+ftable(xtabs(~pomar + ramo + dia, data = mancha))
+
+library(lattice)
+
+# Gráfico de perfil das folhas para 5 ramos em cada pomar.
+xyplot(sever ~ dia | ramo + pomar,
+       groups = folha,
+       data = subset(mancha, ramo <= 5),
+       type = "o")
+
+}
+