Modificações para garantir ordem descrecente das letras cld.

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Pipeline #8121 passed with stage
in 3 minutes and 57 seconds
......@@ -13,7 +13,7 @@ vignette: >
%\VignetteEncoding{UTF-8}
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## Session Definition
# Session Definition
```{r, message=FALSE, results="hide"}
# https://github.com/walmes/wzRfun
......@@ -34,7 +34,7 @@ library(wzCoop)
source("config/setup.R")
```
## Exploratory data analysis
# Exploratory data analysis
```{r}
# Object structure.
......@@ -73,8 +73,7 @@ caiuae_germ$ivg <- rowSums(sweep(x = caiuae_germ[, c(3:7)],
FUN = "/"))
```
****
## Visualização e análise exploratória dos dados
# Visualização e análise exploratória dos dados
```{r visData}
#-----------------------------------------------------------------------
......@@ -128,8 +127,7 @@ xyplot(ivg ~ temp, data = caiuae_germ,
ylab = "Germination speed index")
```
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## Germinação final (36 dias)
# Germinação final (36 dias)
Para análise da germinação final, aos 36 dias após estímulom, considerou
distribuição binomial sendo a germinação de uma semente o evento ou
......@@ -211,7 +209,11 @@ grid <- equallevels(attr(L, "grid"), caiuae_germ)
Lu <- by(data = L, INDICES = grid$temp, FUN = as.matrix)
Lu <- lapply(Lu, FUN = "rownames<-", levels(grid$umid))
Lu <- ldply(lapply(Lu, apmc, model = m0, test = "fdr", focus = "umid"),
.id = "temp")
.id = "temp",
.fun = function(x) {
x$cld <- ordered_cld(x$cld, x$fit)
return(x)
})
Lu[, c("fit", "lwr", "upr")] <-
apply(Lu[, c("fit", "lwr", "upr")],
MARGIN = 2,
......@@ -227,7 +229,7 @@ segplot(umid ~ lwr + upr | temp, centers = fit,
panel.segplot(z = z, centers = centers,
subscripts = subscripts, ...)
panel.text(y = centers[subscripts],
x = as.integer(z[subscripts]), pos = 2,
x = as.integer(z[subscripts]), pos = 4,
labels = txt[subscripts])
})
......@@ -237,7 +239,11 @@ segplot(umid ~ lwr + upr | temp, centers = fit,
Lt <- by(data = L, INDICES = grid$umid, FUN = as.matrix)
Lt <- lapply(Lt, FUN = "rownames<-", levels(grid$temp))
Lt <- ldply(lapply(Lt, apmc, model = m0, test = "fdr", focus = "temp"),
.id = "umid")
.id = "umid",
.fun = function(x) {
x$cld <- ordered_cld(x$cld, x$fit)
return(x)
})
Lt[, c("fit", "lwr", "upr")] <-
apply(Lt[, c("fit", "lwr", "upr")],
MARGIN = 2, FUN = m0$family$linkinv)
......@@ -265,8 +271,7 @@ linear. Letras diferentes ao lado das estimativas indicam contrastes não
nulos (a 5%) entre parâmetros para um nível fixo do fator indicado nas
tarjas.
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## Germinação inicial (aos 15 dias)
# Germinação inicial (aos 15 dias)
Assim como para a germinação final, para a germinação inicial
considerou-se distribuição quasi binomial também, pelos mesmos motivos.
......@@ -300,7 +305,11 @@ grid <- equallevels(attr(L, "grid"), caiuae_germ)
Lu <- by(data = L, INDICES = grid$temp, FUN = as.matrix)
Lu <- lapply(Lu, FUN = "rownames<-", levels(grid$umid))
Lu <- ldply(lapply(Lu, apmc, model = m0, test = "fdr", focus = "umid"),
.id = "temp")
.id = "temp",
.fun = function(x) {
x$cld <- ordered_cld(x$cld, x$fit)
return(x)
})
Lu[, c("fit", "lwr", "upr")] <-
apply(Lu[, c("fit", "lwr", "upr")],
MARGIN = 2, FUN = m0$family$linkinv)
......@@ -316,7 +325,8 @@ segplot(umid ~ lwr + upr | temp,
panel.segplot(z = z, centers = centers,
subscripts = subscripts, ...)
panel.text(y = centers[subscripts],
x = as.integer(z[subscripts]), pos = 2,
x = as.integer(z[subscripts]),
pos = 4,
labels = txt[subscripts])
})
......@@ -326,7 +336,11 @@ segplot(umid ~ lwr + upr | temp,
Lt <- by(data = L, INDICES = grid$umid, FUN = as.matrix)
Lt <- lapply(Lt, FUN = "rownames<-", levels(grid$temp))
Lt <- ldply(lapply(Lt, apmc, model = m0, test = "fdr", focus = "temp"),
.id = "umid")
.id = "umid",
.fun = function(x) {
x$cld <- ordered_cld(x$cld, x$fit)
return(x)
})
Lt[, c("fit", "lwr", "upr")] <-
apply(Lt[, c("fit", "lwr", "upr")],
MARGIN = 2, FUN = m0$family$linkinv)
......@@ -354,8 +368,7 @@ repetições como tendo 1 semente germinada para evitar problemas de
estimação, visto que a probabilidade de sucesso tem qus ser maior que
zero ($p > 0$).
****
## IVG - índice de velocidade de germinação
# IVG - índice de velocidade de germinação
O indice de velocidade de gerimanação, embora seja uma função de
variáveis discretas, assumiu-se distribuição normal (mesmo porque
......@@ -410,7 +423,11 @@ grid <- equallevels(attr(L, "grid"), caiuae_germ)
Lu <- by(data = L, INDICES = grid$temp, FUN = as.matrix)
Lu <- lapply(Lu, FUN = "rownames<-", levels(grid$umid))
Lu <- ldply(lapply(Lu, apmc, model = m0, test = "fdr", focus = "umid"),
.id = "temp")
.id = "temp",
.fun = function(x) {
x$cld <- ordered_cld(x$cld, x$fit)
return(x)
})
Lu[, c("fit", "lwr", "upr")] <-
apply(Lu[, c("fit", "lwr", "upr")],
MARGIN = 2, FUN = function(x) x^2 - 0.5)
......@@ -425,7 +442,7 @@ segplot(umid ~ lwr + upr | temp, centers = fit, data = Lu,
panel.segplot(z = z, centers = centers,
subscripts = subscripts, ...)
panel.text(y = centers[subscripts],
x = as.integer(z[subscripts]), pos = 2,
x = as.integer(z[subscripts]), pos = 4,
labels = txt[subscripts])
})
......@@ -434,7 +451,11 @@ segplot(umid ~ lwr + upr | temp, centers = fit, data = Lu,
Lt <- by(data = L, INDICES = grid$umid, FUN = as.matrix)
Lt <- lapply(Lt, FUN = "rownames<-", levels(grid$temp))
Lt <- ldply(lapply(Lt, apmc, model = m0, test = "fdr", focus = "temp"),
.id = "umid")
.id = "umid",
.fun = function(x) {
x$cld <- ordered_cld(x$cld, x$fit)
return(x)
})
Lt[, c("fit", "lwr", "upr")] <-
apply(Lt[, c("fit", "lwr", "upr")],
MARGIN = 2, FUN = function(x) x^2 - 0.5)
......@@ -455,8 +476,7 @@ segplot(temp ~ lwr + upr | umid,
})
```
****
## Session information
# Session information
```{r, echo=FALSE, results="hold"}
cat(format(Sys.time(), format = "%A, %d de %B de %Y, %H:%M"),
......@@ -464,4 +484,4 @@ cat(format(Sys.time(), format = "%A, %d de %B de %Y, %H:%M"),
sessionInfo()
```
## References
# References
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