Troca ocorrências antigas por leaf_spot e rust_peach.

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in 44 seconds
#' @name mancha
#' @name leaf_spot
#' @title Progresso da Mancha Foliar de \emph{Glomerella} em Macieira
#' no Estado do Paran\enc{á}{a}
#' @description Avaliação da severidade (\% de área com lesão no limbo
......@@ -17,17 +17,19 @@
#'
#' \item{\code{dia}}{Dia de avaliação. Foi do dia 0 ao dia 82, com
#' intervalos próximos de 7 dias, mudando de acordo com a ocorrência
#' de finais de semana e feriados. Os pomares foram avaliados das
#' mesmas datas.}
#' de finais de semana e feriados. Os pomares foram avaliados nas
#' mesmas datas pois eram na mesma propriedade afastados por 300
#' metros.}
#'
#' \item{\code{ramo}}{Variável que indentifica os 30 ramos contendo 10
#' folhas cada um, marcados aleatóriamente em 30 árvores diferentes
#' (um ramo por árvore) no mesmo pomar. A indentificação é unica por
#' pomar.}
#' (um ramo por árvore) no mesmo pomar. A indentificação dos ramos é
#' unica por pomar.}
#'
#' \item{\code{folha}}{Variável que indentifica as 10 folhas marcadas em
#' cada ramo, totalizando 300 folhas avaliadas no total de 30 ramos
#' por pomar. A indentificação é única por pomar.}
#' por pomar. A indentificação das folhas é única por pomar. A
#' primeira folha em cada ramo é a folha mais próxima do caule.}
#'
#' \item{\code{sever}}{Severidade medida ao longo do tempo em cada uma
#' das folhas, em porcentagem de área com lesão de acordo com a
......@@ -38,25 +40,27 @@
#'
#' }
#'
#' @source Moreira, R. R. (http://lattes.cnpq.br/8144030677308566), May
#' De Mio, L. L. (http://lattes.cnpq.br/5306520242222948).
#' Universidade Federal do Paraná, SCA, Laboratório de Epidemiologia
#' para Manejo Integrado de Doenças em plantas (LEMID).
#' @source Moreira,
#' R. R. (\url{http://lattes.cnpq.br/8144030677308566}), May De Mio,
#' L. L. (\url{http://lattes.cnpq.br/5306520242222948}).
#' Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Agrárias,
#' Laboratório de Epidemiologia para Manejo Integrado de Doenças em
#' Plantas (LEMID).
#'
#' @examples
#'
#' data(mancha)
#' str(mancha)
#' data(leaf_spot)
#' str(leaf_spot)
#'
#' ftable(xtabs(~pomar + dia, data = mancha))
#' ftable(xtabs(~pomar + ramo + dia, data = mancha))
#' ftable(xtabs(~pomar + dia, data = leaf_spot))
#' ftable(xtabs(~pomar + ramo + dia, data = leaf_spot))
#'
#' library(lattice)
#'
#' # Gráfico de perfil das folhas para 5 ramos em cada pomar.
#' xyplot(sever ~ dia | ramo + pomar,
#' groups = folha,
#' data = subset(mancha, ramo <= 5),
#' data = subset(leaf_spot, ramo <= 5),
#' type = "o")
#'
NULL
#' @name ferrugem
#' @name rust_peach
#' @title Progresso da Ferrugem em Folhas de Pessegueiro
#' @description Avaliação semanal da severidade (\% de lesão no limbo
#' foliar por meio de escala) da ferrugem (\emph{Tranzschelia
#' discolor}) em folhas de pessegueiro (\emph{Prunus persica}).
#' Foram marcados 2 ramos por árvore (um de cada lado da planta)
#' Foram marcados 2 ramos por árvore (em lados opostos na planta)
#' contendo 10 folhas marcadas em cada um. Foram testadas também 7
#' doses de nitrogênio em combinação com tratamentos de poda. O
#' doses de nitrogênio em combinação com tratamentos de poda. O
#' delineamento foi de blocos casualizados e o ensaio foi repetido
#' em 3 safras no mesmo pomar.
#' em 3 safras no mesmo pomar. As plantas foram as mesmas nas 3
#' safras, no entanto, os ramos foram diferentes.
#' @format Um \code{data.frame} com 30240 linhas e 8 colunas, em que
#'
#' \describe{
......@@ -18,8 +19,8 @@
#' \item{\code{dia}}{Dia de avaliação. Foi do dia 0 ao dia 84, com
#' intervalos de 7 dias, perfazento um total de 12 níveis.}
#'
#' \item{\code{folha}}{Folhas marcadas em 2 ramos por árvore (um de cada
#' lado). As foram eram observadas a cada 7 dias, portanto, os
#' \item{\code{folha}}{Folhas marcadas em 2 ramos por árvore (em lados
#' opostos). As foram eram observadas a cada 7 dias, portanto, os
#' registros em uma folha são no máximo 12 de forma longitudinal. A
#' indentificação das folhas é única.}
#'
......@@ -44,21 +45,22 @@
#'
#' }
#'
#' @source Moreira, R. R. (http://lattes.cnpq.br/8144030677308566), May
#' De Mio, L. L. (http://lattes.cnpq.br/5306520242222948).
#' @source Dolinski,
#' M. A. (\url{http://lattes.cnpq.br/5554247933578584}), May De Mio,
#' L. L. (\url{http://lattes.cnpq.br/5306520242222948}).
#' Universidade Federal do Paraná, SCA, Laboratório de Epidemiologia
#' para Manejo Integrado de Doenças em plantas (LEMID).
#'
#' @examples
#'
#' data(ferrugem)
#' str(ferrugem)
#' data(rust_peach)
#' str(rust_peach)
#'
#' # Combinações entre poda x nitrogênio em cada safra.
#' ftable(xtabs(~safra + poda + nitro, data = ferrugem))
#' ftable(xtabs(~safra + poda + nitro, data = rust_peach))
#'
#' # Combinações entre bloco x dia em cada safra.
#' ftable(xtabs(~safra + bloco + dia, data = ferrugem))
#' ftable(xtabs(~safra + bloco + dia, data = rust_peach))
#'
#' library(lattice)
#' library(latticeExtra)
......@@ -67,25 +69,25 @@
#' useOuterStrips(
#' xyplot(sever ~ dia | nitro + bloco,
#' groups = poda,
#' data = subset(ferrugem, safra == "1"),
#' data = subset(rust_peach, safra == "1"),
#' type = c("p", "smooth"),
#' xlab = "Dia de avaliação",
#' ylab = "Severidade (%)"))
#'
#' xyplot(sever ~ dia | folha, type = "l",
#' data = subset(ferrugem, safra == "1" &
#' bloco == "I" &
#' nitro == 0 &
#' poda == 1 &
#' lado == 1),
#' data = subset(rust_peach, safra == "1" &
#' bloco == "I" &
#' nitro == 0 &
#' poda == 1 &
#' lado == 1),
#' xlab = "Dia de avaliação",
#' ylab = "Severidade (%)")
#'
#' # As 10 folhas de um ramo.
#' subset(ferrugem, safra == "1" &
#' bloco == "I" &
#' nitro == 0 &
#' poda == 1 &
#' lado == 1)
#' subset(rust_peach, safra == "1" &
#' bloco == "I" &
#' nitro == 0 &
#' poda == 1 &
#' lado == 1)
#'
NULL
No preview for this file type
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% Generated by roxygen2: do not edit by hand
% Please edit documentation in R/mancha.R
\name{mancha}
\alias{mancha}
% Please edit documentation in R/leaf_spot.R
\name{leaf_spot}
\alias{leaf_spot}
\title{Progresso da Mancha Foliar de \emph{Glomerella} em Macieira
no Estado do Paran\enc{á}{a}}
\format{Um \code{data.frame} com 6600 linhas e 5 colunas, em que
......@@ -12,17 +12,19 @@
\item{\code{dia}}{Dia de avaliação. Foi do dia 0 ao dia 82, com
intervalos próximos de 7 dias, mudando de acordo com a ocorrência
de finais de semana e feriados. Os pomares foram avaliados das
mesmas datas.}
de finais de semana e feriados. Os pomares foram avaliados nas
mesmas datas pois eram na mesma propriedade afastados por 300
metros.}
\item{\code{ramo}}{Variável que indentifica os 30 ramos contendo 10
folhas cada um, marcados aleatóriamente em 30 árvores diferentes
(um ramo por árvore) no mesmo pomar. A indentificação é unica por
pomar.}
(um ramo por árvore) no mesmo pomar. A indentificação dos ramos é
unica por pomar.}
\item{\code{folha}}{Variável que indentifica as 10 folhas marcadas em
cada ramo, totalizando 300 folhas avaliadas no total de 30 ramos
por pomar. A indentificação é única por pomar.}
por pomar. A indentificação das folhas é única por pomar. A
primeira folha em cada ramo é a folha mais próxima do caule.}
\item{\code{sever}}{Severidade medida ao longo do tempo em cada uma
das folhas, em porcentagem de área com lesão de acordo com a
......@@ -33,10 +35,12 @@
}}
\source{
Moreira, R. R. (http://lattes.cnpq.br/8144030677308566), May
De Mio, L. L. (http://lattes.cnpq.br/5306520242222948).
Universidade Federal do Paraná, SCA, Laboratório de Epidemiologia
para Manejo Integrado de Doenças em plantas (LEMID).
Moreira,
R. R. (\url{http://lattes.cnpq.br/8144030677308566}), May De Mio,
L. L. (\url{http://lattes.cnpq.br/5306520242222948}).
Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Agrárias,
Laboratório de Epidemiologia para Manejo Integrado de Doenças em
Plantas (LEMID).
}
\description{
Avaliação da severidade (\% de área com lesão no limbo
......@@ -50,18 +54,18 @@ Avaliação da severidade (\% de área com lesão no limbo
}
\examples{
data(mancha)
str(mancha)
data(leaf_spot)
str(leaf_spot)
ftable(xtabs(~pomar + dia, data = mancha))
ftable(xtabs(~pomar + ramo + dia, data = mancha))
ftable(xtabs(~pomar + dia, data = leaf_spot))
ftable(xtabs(~pomar + ramo + dia, data = leaf_spot))
library(lattice)
# Gráfico de perfil das folhas para 5 ramos em cada pomar.
xyplot(sever ~ dia | ramo + pomar,
groups = folha,
data = subset(mancha, ramo <= 5),
data = subset(leaf_spot, ramo <= 5),
type = "o")
}
......
% Generated by roxygen2: do not edit by hand
% Please edit documentation in R/ferrugem.R
\name{ferrugem}
\alias{ferrugem}
% Please edit documentation in R/rust_peach.R
\name{rust_peach}
\alias{rust_peach}
\title{Progresso da Ferrugem em Folhas de Pessegueiro}
\format{Um \code{data.frame} com 30240 linhas e 8 colunas, em que
......@@ -13,8 +13,8 @@
\item{\code{dia}}{Dia de avaliação. Foi do dia 0 ao dia 84, com
intervalos de 7 dias, perfazento um total de 12 níveis.}
\item{\code{folha}}{Folhas marcadas em 2 ramos por árvore (um de cada
lado). As foram eram observadas a cada 7 dias, portanto, os
\item{\code{folha}}{Folhas marcadas em 2 ramos por árvore (em lados
opostos). As foram eram observadas a cada 7 dias, portanto, os
registros em uma folha são no máximo 12 de forma longitudinal. A
indentificação das folhas é única.}
......@@ -39,8 +39,9 @@
}}
\source{
Moreira, R. R. (http://lattes.cnpq.br/8144030677308566), May
De Mio, L. L. (http://lattes.cnpq.br/5306520242222948).
Dolinski,
M. A. (\url{http://lattes.cnpq.br/5554247933578584}), May De Mio,
L. L. (\url{http://lattes.cnpq.br/5306520242222948}).
Universidade Federal do Paraná, SCA, Laboratório de Epidemiologia
para Manejo Integrado de Doenças em plantas (LEMID).
}
......@@ -48,22 +49,23 @@ Moreira, R. R. (http://lattes.cnpq.br/8144030677308566), May
Avaliação semanal da severidade (\% de lesão no limbo
foliar por meio de escala) da ferrugem (\emph{Tranzschelia
discolor}) em folhas de pessegueiro (\emph{Prunus persica}).
Foram marcados 2 ramos por árvore (um de cada lado da planta)
Foram marcados 2 ramos por árvore (em lados opostos na planta)
contendo 10 folhas marcadas em cada um. Foram testadas também 7
doses de nitrogênio em combinação com tratamentos de poda. O
doses de nitrogênio em combinação com tratamentos de poda. O
delineamento foi de blocos casualizados e o ensaio foi repetido
em 3 safras no mesmo pomar.
em 3 safras no mesmo pomar. As plantas foram as mesmas nas 3
safras, no entanto, os ramos foram diferentes.
}
\examples{
data(ferrugem)
str(ferrugem)
data(rust_peach)
str(rust_peach)
# Combinações entre poda x nitrogênio em cada safra.
ftable(xtabs(~safra + poda + nitro, data = ferrugem))
ftable(xtabs(~safra + poda + nitro, data = rust_peach))
# Combinações entre bloco x dia em cada safra.
ftable(xtabs(~safra + bloco + dia, data = ferrugem))
ftable(xtabs(~safra + bloco + dia, data = rust_peach))
library(lattice)
library(latticeExtra)
......@@ -72,26 +74,26 @@ library(latticeExtra)
useOuterStrips(
xyplot(sever ~ dia | nitro + bloco,
groups = poda,
data = subset(ferrugem, safra == "1"),
data = subset(rust_peach, safra == "1"),
type = c("p", "smooth"),
xlab = "Dia de avaliação",
ylab = "Severidade (\%)"))
xyplot(sever ~ dia | folha, type = "l",
data = subset(ferrugem, safra == "1" &
bloco == "I" &
nitro == 0 &
poda == 1 &
lado == 1),
data = subset(rust_peach, safra == "1" &
bloco == "I" &
nitro == 0 &
poda == 1 &
lado == 1),
xlab = "Dia de avaliação",
ylab = "Severidade (\%)")
# As 10 folhas de um ramo.
subset(ferrugem, safra == "1" &
bloco == "I" &
nitro == 0 &
poda == 1 &
lado == 1)
subset(rust_peach, safra == "1" &
bloco == "I" &
nitro == 0 &
poda == 1 &
lado == 1)
}
......@@ -55,19 +55,19 @@ fator que provoca a queda.
```{r}
# Estrutura dos dados.
str(mancha)
str(leaf_spot)
# Tabela de frequencia.
ftable(xtabs(~pomar + dia, data = mancha))
ftable(xtabs(~pomar + dia, data = leaf_spot))
# Tabela de frequência de folhas presas ao ramo (sem folhas perdidas).
ftable(xtabs(~pomar + dia, data = na.omit(mancha)))
ftable(xtabs(~pomar + dia, data = na.omit(leaf_spot)))
# Acesse a documentação para mais detalhes.
# help(mancha, help_type = "html")
# help(leaf_spot, help_type = "html")
# Convertendo variáveis para fator.
mancha <- within(mancha, {
leaf_spot <- within(leaf_spot, {
pomar <- factor(pomar, labels = c("I", "II"))
ramo <- factor(ramo)
folha <- interaction(ramo, folha, drop = TRUE)
......@@ -75,7 +75,7 @@ mancha <- within(mancha, {
xyplot(sever ~ dia | ramo,
groups = folha,
data = subset(mancha, pomar == "I"),
data = subset(leaf_spot, pomar == "I"),
type = "o",
xlab = "Dia de avaliação",
ylab = "Severidade da mancha foliar (%)",
......@@ -84,7 +84,7 @@ xyplot(sever ~ dia | ramo,
xyplot(sever ~ dia | ramo,
groups = folha,
data = subset(mancha, pomar == "II"),
data = subset(leaf_spot, pomar == "II"),
type = "o",
xlab = "Dia de avaliação",
ylab = "Severidade da mancha foliar (%)",
......@@ -105,7 +105,7 @@ planta, as condições de solo, a exposição do ramo ao sol, etc.
## Ajuste de Modelo de Regressão Não Linear
```{r}
da <- subset(mancha, pomar == "I")
da <- subset(leaf_spot, pomar == "I")
# Calibrando o chute inicial.
start <- list(A = 80, xc = 80, sc = 20)
......
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